зав. лабораторией, главный научный сотрудник
член-корр. РАН, доктор биологических наук
Доктор биологических наук, член-корреспондент РАН, автор более 150 статей в области молекулярной биологии и медицины, опубликованных в реферируемых отечественных и зарубежных журналах. Работы Е.Н. Ильиной насчитывают более 2000 цитирований, её индекс Хирша по версии РИНЦ – 26, Scopus – 24, WoS – 22. Е.Н. Ильина является автором четырех российских и одного международного патента, с 2009 года состоит членом Европейского общества клинической микробиологии и инфекционных болезней, является экспертом РАН и РНФ.
В основе научной деятельности Е.Н. Ильиной находятся исследования молекулярных закономерностей формирования и развития инфекционных и воспалительных заболеваний человека. Большой пласт работ, опубликованных Е.Н. Ильиной, посвящен разработке и внедрению масс-спектрометрических методов анализа биомолекул для решения задач практической клинической микробиологии и оценки природной вариабельности бактериальных возбудителей, как механизма ухода от защитных сил человеческого организма. Благодаря научной и просветительской деятельности Е.Н. Ильиной масс-спектрометрические протеомные технологии активно используются сейчас в десятках ведущих клинико-диагностических лабораторий России. Тему взаимного влияния организма хозяина и населяющих его микроорганизмов продолжают исследования Е.Н. Ильиной, посвященные метагеномному анализу и коррекции микрофлоры кишечника человека при различных физиологических и патологических состояниях.
При непосредственном участии Е.Н. Ильиной реализованы первые в России метагеномные исследования по характеристике особенностей кишечной микробиоты у пациентов с синдромом алкогольной зависимости и воспалительными заболеваниями кишечника, в том числе с болезнью Крона. С целью повышения эффективности коррекции наблюдаемых на молекулярном уровне изменений Е.Н. Ильина выступила инициатором разработки и внедрения в клиническую практику новейшей терапевтической процедуры – трансплантации фекальной микробиоты, которая позволяет в сжатые сроки корректировать метаболический потенциал кишечника человека. Под её руководством образован первый в России банк микробиоты здоровых доноров, налажен выпуск инкапсулированной формы фекального трансплантата.
Полученные Е.Н. Ильиной результаты позволяют рассматривать разрабатываемое направление как перспективное в изучении молекулярного базиса патологических процессов с использованием болезни Крона как модели патологического состояния и в формировании концепции персонализированного подхода к обследованию и лечению пациентов. Учитывая тесное взаимовлияние микробиоты кишечника и иммунной системы человека, управление микробным сообществом открывает также новые возможности в терапии аутоиммунных и иммуносупрессивных состояний, в том числе вызванных физиологическим старением человека.
Под руководством Е.Н. Ильиной впервые в России реализованы работы по масштабному исследованию молекулярных механизмов развития лекарственно-устойчивого туберкулеза, проведено геномное секвенирование изолятов M. tuberculosis, принадлежащих к эндемичным для российской популяции генотипам. Успехом проведенной работы явилось исчерпывающее протеомное и геномное описание уникального генетического семейства M. tuberculosis В0/W148 – эпидемиологически-успешного клона, распространенного преимущественно в России, раскрывающие механизмы вирулентности этого патогена.
В настоящее время под руководством Е.Н. Ильиной выполняются несколько проектов, направленных на исследование молекулярных основ патогенеза новой коронавирусной инфекции COVID-19. В частности, изучается роль микробного биотопа респираторного тракта как предиктора формирования осложненной формы течения заболевания. Работы, координируемые Е.Н. Ильиной, поддержаны грантами Российского научного фонда, Российского фонда фундаментальных исследований, отраслевыми программами.