Версия для слабовидящих: Вкл Изображения: Вкл Размер шрифта: A A A Цветовая схема: A A A A
Говорун
Вадим Маркович
Должность

Директор НИИ системной биологии и медицины Роспотребнадзора, заведующий лабораторией простых систем

Научная степень, звание

доктор биологических наук, профессор, академик РАН

Дополнительные обязанности
  • Член Совета при Президенте Российской Федерации по науке и образованию
  • Заведующий кафедрой молекулярной и трансляционной медицины Московского физико-технического института (национальный исследовательский университет)
Образование и опыт
  • В 1987 году окончил 2-ой Московский медицинский институт им. Н.И. Пирогова (медико-биологический факультет, отделение биохимии)
  • В 1991 году защитил кандидатскую диссертацию по специальности «биохимия»
  • В 2000 году защитил докторскую диссертацию по специальностям «биохимия» 03.00.04 и «молекулярная биология» 03.00.03
  • В 2003 году присвоено звание профессора по специальности «биохимия»
  • В 2011 году избран членом-корреспондентом Российской академии медицинских наук
  • В 2016 году избран действительным членом Российской академии наук, отделение медицинских наук (физико-химическая медицина)
Сфера научных интересов
  • молекулярная диагностика
  • геномика
  • протеомика
  • системная биология
  • синтетическая биология

Образование и опыт работы

В.М. Говорун родился 27 октября 1964 года в городе Братск Иркутской области. После окончания в 1987 году 2-го Московского медицинского института им. Н.И. Пирогова (медико-биологический факультет, отделение биохимии) был принят на работу в Институт физико-химической медицины Минздрава СССР. В 1991 году защитил кандидатскую диссертацию по специальности биохимия, в 2000 году – докторскую диссертацию по специальностям биохимия и молекулярная биология. В 2003 году В.М. Говоруну присвоено звание профессор. В 2011 году избран членом-корреспондентом Российской академии медицинских наук (РАМН), в 2014 году – академиком РАМН. В 2016 году избран академиком Российской академии наук (РАН, отделение медицинских наук, секция медико-биологических наук).

С 1991 по 1994 гг. В.М. Говорун проходил стажировку в Центре молекулярной медицины им. М. Дельбрюна в Берлине (ФРГ). В 1996 году работал приглашенным профессором в Реннском университете на кафедре микробиологии (Франция).

С 1999 по 2014 гг. являлся профессором кафедры биохимии медико-биологического факультета Российского государственного медицинского университета им. Н.И. Пирогова (РГМУ). С 2001 по 2007 гг. работал ведущим научным сотрудником протеомного отдела НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН, с 2006 по 2018 гг. руководил лабораторией протеомики в Институте биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН.

В 1987 года поступил на работу в Институт физико-химической медицины Министерства здравоохранения СССР (в настоящее время ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА) на должность научного сотрудника, где и трудился 2021 год в разных должностях. С 2015 года по 2021 гг. возглавлял ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России, созданный на базе НИИ физико-химической медицины ФМБА России и Клинической больницы № 123, в качестве генерального директора. Под его руководством ФНКЦ ФХМ ФМБА России превратился в многопрофильный научно-исследовательский и клинический центр, оснащенный современным диагностическим и лечебным медицинским оборудованием и располагающий штатом высококвалифицированных специалистов – научных сотрудников, врачей, среднего и младшего медицинского персонала. Под его руководством в Центре активно реализовывались принципы персонализированной медицины, включающей в себя все аспекты медико-биологических достижений – от геномных технологий, клеточной терапии, инжиниринга тканей до создания новых медицинских препаратов и устройств. Научная, информационная и приборная база Центра позволила разрабатывать медицинские программы, целью которых является ранняя диагностика изменений состояния организма, которые еще не имеют выраженных симптомов конкретных заболеваний, и направлены на предотвращение их развития.

В 2020 году под руководством В.М. Говоруна в рамках ФЦП «Развитие фармацевтической и медицинской промышленности Российской Федерации на период до 2020 года и дальнейшую перспективу» была завершена реконструкция и в апреле 2020 года введен в строй Центр технологий и микрофабрикаций, который является уникальным центром микрофабрикации для биофизики и медицины. На данной площадке возможно как проведение научных-прикладных исследований, так и разработка и создание прототипов и опытных партий медицинских приборов и диагностических систем на основе микрофлюидных и нанотехнологий. На площадях Центра собран комплекс технологических процессов и цепочек, которые обычно встречаются лишь у крупных компаний, занимающихся задачами микроэлектроники.

Пандемия коронавируса SARS-CoV-2 и исследовательские проекты

В 2020–2021 гг., во время пандемии новой коронавирусной инфекции COVID-19, под руководством В.М. Говоруна были разработаны и внедрены в производство тест-системы для диагностики SARS-CoV-2: набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией ПОЛИВИР SARS-CoV-2; набор для выявления иммуноглобулинов класса G к коронавирусу SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 IgG; набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-COV-2 методом изотермической амплификации с обратной транскрипцией IsoAmp SARS-CoV-2. Разработан анализатор ИЗАСКРИН8 для экспресс-диагностики в формате прикроватного тестирования методом изотермической петлевой амплификации, в том числе для определения возбудителя SARS-CoV-2. По инициативе В.М. Говоруна в июне 2020 года создан Консорциум академического содружества по изучению COVID-19, который проводит углубленные медико-биологические исследования патогенеза заболевания.

В 2021 году академик В.М. Говорун перешел на работу в систему Роспотребнадзора, сначала в должности заместителя директора по развитию и врио директора НИИ дезинфектологии, а с июня 2022 года – в должности директора Научно-исследовательского института системной биологии и медицины.

Научные интересы и достижения

Академик В.М. Говорун – автор более 340 научных работ, опубликованных в высокорейтинговых международных и отечественных журналах, индекс Хирша составляет 34. Он внес большой вклад в развитие физико-химической медицины, биохимии и молекулярной биологии, а также в использование научных достижений в теоретической и прикладной медицине. В начале 1990-х гг. на базе лаборатории биохимии клеточных культур НИИ ФХМ В.М. Говорун создал и возглавил отдел молекулярной биологии и генетики, в котором в настоящее время реализуется программа по одновременному высокоплотному геномному картированию и определению транскрипционной, протеомной и метаболической активности микробиологических объектов. Интерес В.М. Говоруна к системному исследованию принципов организации, регуляции и адаптации бактериальной клетки к внешним воздействиям положил начало работе в данном направлении на микоплазме как модели «минимальной клетки». В 2012 году впервые в России под руководством В.М. Говоруна был идентифицирован полный спектр метаболитов бактерий класса молликут.

Круг научных интересов Вадима Марковича не ограничивается исключительно фундаментальными исследованиями. В настоящее время под его руководством продолжаются исследования по системной биологии бактерий с редуцированным геномом Mycoplasma gallisepticum; реализуется проект по изучению состава микробиоты желудочно-кишечного тракта, характерной для жителей различных территорий РФ, в норме и патологии. Ведутся исследования по оценке возможного вклада микроорганизмов в развитие ряда патологических состояний, таких как болезнь Крона, хроническая обструктивная болезнь лёгких (ХОБЛ), а также изучаются патогенетические механизмы нейродегенеративных заболеваний, например, синдрома Гийена–Барре. Так, в период с 1996 года по 2002 гг. активно способствовал внедрению метода полимеразной цепной реакции в практическое здравоохранение, организовал 4 Всероссийских конференции по генодиагностике и 53 региональных совещания и конференций для успешного внедрения ПЦР в практику. В 2015 году на базе ФНКЦ ФХМ ФМБА России инициировал пилотный проект по созданию первого в России банка замороженного биоматериала здоровых доноров для лечения тяжелых заболеваний желудочно-кишечного тракта и других заболеваний, ассоциированных с угнетением или обеднением нормальной микрофлоры кишечника.

В.М. Говоруном создан новый раздел физико-химической медицины, связанный с применением омиксных технологий в биологии и медицине в норме и при патологических состояниях. По его инициативе, при непосредственном участии и под его руководством создан первый в России протеомный центр, лаборатория протеомики в Институте биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, в которых на мировом уровне реализуются высокотехнологичные протеомные исследования бактерий и высших организмов (человека и растений), а также лаборатория медицинских нанотехнологий, Геномный центр в МФТИ, Центр омиксных технологий в КФУ (Казань).

Педагогическая работа

Значительное место в деятельности В.М. Говоруна занимает педагогическая работа. С 2006 года по настоящее время Вадим Маркович – заведующий кафедрой молекулярной и трансляционной медицины Московского физико-технического университета (МФТИ), читает курс лекций «Протеомика и метаболомика» для студентов, отдает много сил и умения работе с дипломниками и аспирантами. Под его руководством защищено 6 докторских и 15 кандидатских диссертаций, а также 25 дипломных проектов.

Академик В.М. Говорун является Председателем Ученого совета НИИ СБМ, являлся членом экспертного совета Российского научного фонда (РНФ), секции «Фундаментальные исследования для медицины» а также членом редакционной коллегии журналов «Вопросы медицинской химии», «Биомедицинская химия», членом редакционного совета журнала «Медицина экстремальных ситуаций». С 2010 по 2016 гг. принимал активное участие в становлении Биомедицинского центра коллективного пользования в Казанском государственном университете (КФУ). С 2016 года академик В.М. Говорун – член Совета при Президенте Республики Татарстан по образованию и науке.

С июня 2022 года В.М. Говорун - член Совета при Президенте Российской Федерации по науке и образованию.

Награды

За большой вклад в развитие здравоохранения и медицинской науки В.М. Говорун награжден медалью ордена "За заслуги перед отечеством" II степени, Орденом Пирогова, ведомственным знаком отличия Федерального медико-биологического агентства «Золотой крест ФМБА России», медалью «В память 850-летия Москвы», ведомственными благодарностями и грамотами.

Основные публикации

·       Старикова Е.В., Галеева Ю.С., Андреев Д.Н., Соколов Ф.С., Федоров Д.Е., Манолов А.И., Павленко А.В., Климина К.М., Веселовский В.А., Заборовский А.В., Евдокимов В.В., Андреев Н.Г., Девкота М.К., Фоменко А.К., Харьковский В.А., Асадулин П.О., Кучер С.А., Черёмушкина А.С., Янушевич О.О., Маев И.В., Крихели Н.И., Левченко О.В., Ильина Е.Н., Говорун В.М. Состав микробиоты ротоглотки у пациентов с пневмонией различной степени тяжести, вызванной вирусом SARS-CoV-2 Терапевтический архив 2022, 94(8): 963-972 URL: https://ter-arkhiv.ru/0040-3660/article/view/111814 DOI: https://doi.org/10.26442/00403660.2022.08.201780 PMID: 36286976.

·       Kazakova AN, Anufrieva KS, Ivanova OM, Shnaider PV, Malyants IK, Aleshikova OI, Slonov AV, Ashrafyan LA, Babaeva NA, Eremeev AV, Boichenko VS, Lukina MM, Lagarkova MA, Govorun VM, Shender VO, Arapidi GP. Deeper insights into transcriptional features of cancer-associated fibroblasts: An integrated meta- analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data. Front Cell Dev Biol. 2022 Oct 3;10:825014.  doi: 10.3389/fcell.2022.825014. PMID: 36263012; PMCID: PMC9574913.

·       Evsyutina DV, Fisunov GY, Pobeguts OV, Kovalchuk SI, Govorun VM. Gene Silencing through CRISPR Interference in Mycoplasmas. Microorganisms. 2022 Jun 5;10(6):1159. doi: 10.3390/microorganisms10061159. PMID: 35744677; PMCID: PMC9229473.

·       Konanov DN, Zakharzhevskaya NB, Kardonsky DA, Zhgun ES, Kislun YV, Silantyev AS, Shagaleeva OY, Krivonos DV, Troshenkova AN, Govorun VM, Ilina EN. UniqPy: A tool for estimation of short-chain fatty acids composition by gas-chromatography/mass-spectrometry with headspace extraction. J Pharm Biomed Anal. 2022 Apr 1;212:114681. doi: 10.1016/j.jpba.2022.114681. Epub 2022 Feb 19. PMID:35202943.

·       Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф., Дубоделов Д.В., Углева С.В., Семененко Т.А., Плоскирева А.А., Горелов А.В., Пшеничная Н.Ю., Ежлова Е.Б., Летюшев А.Н., Демина Ю.В., Кутырев В.В., Максютов Р.А., Говорун В.М., Дятлов И.А., Тотолян А.А., Куличенко А.Н., Балахонов С.В., Рудаков Н.В., Троценко О.Е., Носков А.К., Зайцева Н.Н., Топорков А.В., Лиознов Д.А., Андреева Е.Е., Микаилова О.М., Комаров А.Г., Ананьев В.Ю., Молдованов В.В., Логунов Д.Ю., Гущин В.А., Дедков В.Г., Черкашина А.С., Кузин С.Н., Тиванова Е.В., Кондрашева Л.Н., Саенко В.В., Селезов С.Ю., Гасанов Г.А., Сванадзе Н.Х., Глазов М.Б., Остроушко А.А., Миронов К.О., Есьман А.С., Осина Н.А., Боднев С.А., Комиссаров А.Б., Даниленко Д.М., Богун А.Г., Скрябин Ю.П., Лопатовская К.В., Штрек С.В., Волынкина А.С., Гладких А.С., Котова В.О., Водопьянов А.С., Новикова Н.А., Сперанская А.С., Самойлов А.Е., Неверов А.Д., Шпак И.М. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии, 2022;99(4):381–396. doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295

·        Matyushkina D, Shokina V, Tikhonova P, Manuvera V, Shirokov D, Kharlampieva D, Lazarev V,  Varizhuk A, Vedekhina T, Pavlenko A, Penkin L, Arapidi G, Pavlov K, Pushkar D, Kolontarev K, Rumyantsev A, Rumyantsev S, Rychkova L, Govorun V. Autoimmune Effect of Antibodies against the SARS-CoV-2 Nucleoprotein. Viruses 2022, 14, 1141. doi: org/10.3390/v14061141

·        Babenko V, Bakhtyev R, Baklaushev V, Balykova L, Bashkirov P, Bespyatykh J, Blagonravova A, Boldyreva D, Fedorov D, Gafurov I, Gaifullina R, Galeeva J, Galova E, Gospodaryk A, Ilina E, K Ivanov, Kharlampieva D, Khromova P, Klimina K, Kolontarev K, Kolyshkina N, Koritsky A, Kuropatkin V, Lazarev V, Manolov A, Manuvera V, Matyushkina D, Morozov M, Moskaleva E, Musarova V, Ogarkov O, Orlova E, Pavlenko A, Petrova A, Pozhenko N, Pushkar D, Rumyantsev A, Rumyantsev S, Rumyantsev V, Rychkova L, Samoilov A, Shirokova I, Sinkov V, Solovieva S, Starikova E, Tikhonova P, Trifonova G, Troitsky A, A Tulichev, Y Udalov, Varizhuk A, Vasiliev A, Vereshchagin R, Veselovsky V, Volnukhin A, Yusubalieva G, Govorun V. Analysis of the upper respiratory tract microbiota in mild and severe COVID-19 patients bioRxiv 2021.09.20.461025; doi: org/10.1101/2021.09.20.461025

·        Konanov DN, Zakharzhevskaya NB, Kardonsky DA, Zhgun ES, Kislun YV, Silantyev AS, Shagaleeva OY, Krivonos DV, Troshenkova AN, Govorun VM, Ilina EN. UniqPy: A tool for estimation of short-chain fatty acids composition by gas- chromatography/mass-spectrometry with headspace extraction. J Pharm Biomed Anal. 2022 Apr 1;212:114681. doi: 10.1016/j.jpba.2022.114681.

·        Galeeva J, Babenko V, Bakhtyev R, Baklaushev V, Balykova L, Bashkirov P, Bespyatykh J, Blagonravova A, Boldyreva D, Fedorov D, Gafurov I, Gaifullina R, Galova E, Gospodaryk A, Ilina E, Ivanov K, Kharlampieva D, Khromova P, Klimina K, Kolontarev K, Kolyshkina N, Koritsky A, Kuropatkin V, Lazarev V, Manolov A, Manuvera V, Matyushkina D, Morozov M, Moskaleva E, Musarova V, Ogarkov O, Orlova E, Pavlenko A, Petrova A, Pozhenko N, Pushkar D, Rumyantsev A, Rumyantsev S, Rumyantsev V, Rychkova L, Samoilov A, Shirokova I, Sinkov V, Solovieva S, Starikova E, Tikhonova P, Trifonova G, Troitsky A, Tulichev A, Udalov Y, Varizhuk A, Vasiliev A, Veselovsky V, Vereshchagin R, Volnukhin A, Yusubalieva G, Govorun V. 16S rRNA gene sequencing data of the upper respiratory tract microbiome in the SARS-CoV-2 infected patients. Data Brief. 2022 Feb;40:107770. doi: 10.1016/j.dib.2021.107770.

·        Shliapina V, Koriagina M, Vasilkova D, Govorun V, Dontsova O, Rubtsova M. Human Telomerase RNA Protein Encoded by Telomerase RNA is Involved in Metabolic Responses. Front Cell Dev Biol. 2021 Dec 7;9:754611. doi: 10.3389/fcell.2021.754611.

·        Fisunov GY, Zubov AI, Pobeguts OV, Varizhuk AM, Galyamina MA, Evsyutina DV, Semashko TA, Manuvera VA, Kovalchuk SI, Ziganshin RK, Barinov NA, Klinov DV, Govorun VM. The Dynamics of Mycoplasma gallisepticum Nucleoid Structure at the Exponential and Stationary Growth Phases. Front Microbiol. 2021 Nov 18;12:753760. doi: 10.3389/fmicb.2021.753760.

·        Gordeeva V, Sharova E, Babalyan K, Sultanov R, Govorun VM, Arapidi G. Benchmarking germline CNV calling tools from exome sequencing data. Sci Rep. 2021 Jul 13;11(1):14416. doi: 10.1038/s41598-021-93878-2.

·        Koksharova OA, Butenko IO, Pobeguts OV, Safronova NA, Govorun VM. β-N- Methylamino-L-Alanine (BMAA) Causes Severe Stress in Nostoc sp. PCC 7120 Cells under Diazotrophic Conditions: A Proteomic Study. Toxins (Basel). 2021 Apr 30;13(5):325. doi: 10.3390/toxins13050325.

·        Maev IV, Andreev DN, Govorun VM, Ilina EN, Kucheryavyy YA, Oganesian TS, Melnikova EV, Zayratyants OV, Parfenova TV, Dzhedzheia LV, Kirillova NV, Maevskaya EA, Fomenko AK, Lobanova EG, Zaborovskii AV, Kriukov KA. [Antibiotic resistance of Helicobacter pylori in the European part of the Russian Federation: first results]. Ter Arkh. 2020 Sep 3;92(8):24-28. Russian. doi: 10.26442/00403660.2020.08.000761.

·        Kuznetsov A, Voronina A, Govorun V, Arapidi G. Critical Review of Existing MHC I Immunopeptidome Isolation Methods. Molecules. 2020 Nov 19;25(22):5409. doi: 10.3390/molecules25225409.

·        Shnaider PV, Ivanova OM, Malyants IK, Anufrieva KS, Semenov IA, Pavlyukov MS, Lagarkova MA, Govorun VM, Shender VO. New Insights into Therapy-Induced Progression of Cancer. Int J Mol Sci. 2020 Oct 23;21(21):7872. doi: 10.3390/ijms21217872.

·        Kotova ES, Savochkina YA, Doludin YV, Vasilyev AO, Prilepskay EA, Potoldykova NV, Babalyan KA, Kanygina AV, Morozov AO, Govorov AV, Enikeev DV, Kostryukova ES, Ilina EN, Govorun VM, Pushkar DY, Sharova EI. Identification of Clinically Significant Prostate Cancer by Combined PCA3 and AMACR mRNA Detection in Urine Samples. Res Rep Urol. 2020 Sep 17;12:403-413. doi: 10.2147/RRU.S262310.

·        Koksharova OA, Butenko IO, Pobeguts OV, Safronova NA, Govorun VM. Proteomic Insights into Starvation of Nitrogen-Replete Cells of Nostoc sp. PCC 7120 under β-N-Methylamino-L-Alanine (BMAA) Treatment. Toxins (Basel). 2020 Jun 4;12(6):372. doi: 10.3390/toxins12060372.

·        Lakunchykova O, Averina M, Wilsgaard T, Watkins H, Malyutina S, Ragino Y, Keogh RH, Kudryavtsev AV, Govorun V, Cook S, Schirmer H, Eggen AE, Hopstock LA, Leon DA. Why does Russia have such high cardiovascular mortality rates? Comparisons of blood-based biomarkers with Norway implicate non-ischaemic cardiac damage. J Epidemiol Community Health. 2020 Sep;74(9):698-704. doi: 10.1136/jech-2020-213885.

·        Koksharova OA, Butenko IO, Pobeguts OV, Safronova NA, Govorun VM. The First Proteomics Study of Nostoc sp. PCC 7120 Exposed to Cyanotoxin BMAA under Nitrogen Starvation. Toxins (Basel). 2020 May 9;12(5):310. doi: 10.3390/toxins12050310.

·        Babenko VV, Podgorny OV, Manuvera VA, Kasianov AS, Manolov AI, Grafskaia EN, Shirokov DA, Kurdyumov AS, Vinogradov DV, Nikitina AS, Kovalchuk SI, Anikanov NA, Butenko IO, Pobeguts OV, Matyushkina DS, Rakitina DV, Kostryukova ES, Zgoda VG, Baskova IP, Trukhan VM, Gelfand MS, Govorun VM, Schiöth HB, Lazarev VN. Draft genome sequences of Hirudo medicinalis and salivary transcriptome of three closely related medicinal leeches. BMC Genomics. 2020 Apr 29;21(1):331. doi: 10.1186/s12864-020-6748-0. Erratum in: BMC Genomics. 2020 Jul 22;21(1):503.

·        Starikova EV, Tikhonova PO, Prianichnikov NA, Rands CM, Zdobnov EM, Ilina EN, Govorun VM. Phigaro: high-throughput prophage sequence annotation. Bioinformatics. 2020 Jun 1;36(12):3882-3884. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa250.

·        Pletnev P, Guseva E, Zanina A, Evfratov S, Dzama M, Treshin V, Pogorel'skaya A, Osterman I, Golovina A, Rubtsova M, Serebryakova M, Pobeguts OV, Govorun VM, Bogdanov AA, Dontsova OA, Sergiev PV. Comprehensive Functional Analysis of Escherichia coli Ribosomal RNA Methyltransferases. Front Genet. 2020 Feb 27;11:97. doi: 10.3389/fgene.2020.00097.

·        Bespyatykh J, Shitikov E, Bespiatykh D, Guliaev A, Klimina K, Veselovsky V, Arapidi G, Dogonadze M, Zhuravlev V, Ilina E, Govorun V. Metabolic Changes of Mycobacterium tuberculosis during the Anti-Tuberculosis Therapy. Pathogens. 2020 Feb 18;9(2):131. doi: 10.3390/pathogens9020131.

·        Moshkovskaya M, Vakhrusheva T, Rakitina D, Baykova J, Panasenko O, Basyreva L, Gusev S, Gusev A, Mikhalchik E, Smolina N, Dobretsov G, Scherbakov P, Parfenov A, Fadeeva N, Pobeguts O, Govorun V. Neutrophil activation by Escherichia coli isolates from human intestine: effects of bacterial hydroperoxidase activity and surface hydrophobicity. FEBS Open Bio. 2020 Mar;10(3):414-426. doi: 10.1002/2211-5463.12796.

·        Pavlova AS, Ozhegov GD, Arapidi GP, Butenko IO, Fomin ES, Alemasov NA, Afonnikov DA, Yarullina DR, Ivanov VT, Govorun VM, Kayumov AR. Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain. Protein J. 2020 Feb;39(1):73-84. doi: 10.1007/s10930-019-09879-8.

·        Goloshchapov OV, Olekhnovich EI, Sidorenko SV, Moiseev IS, Kucher MA, Fedorov DE, Pavlenko AV, Manolov AI, Gostev VV, Veselovsky VA, Klimina KM, Kostryukova ES, Bakin EA, Shvetcov AN, Gumbatova ED, Klementeva RV, Shcherbakov AA, Gorchakova MV, Egozcue JJ, Pawlowsky-Glahn V, Suvorova MA, Chukhlovin AB, Govorun VM, Ilina EN, Afanasyev BV. Long-term impact of fecal transplantation in healthy volunteers. BMC Microbiol. 2019 Dec 30;19(1):312. doi: 10.1186/s12866-019-1689-y.

·        Bespyatykh J, Shitikov E, Guliaev A, Smolyakov A, Klimina K, Veselovsky V, Malakhova M, Arapidi G, Dogonadze M, Manicheva O, Bespiatykh D, Mokrousov I, Zhuravlev V, Ilina E, Govorun V. System OMICs analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster. Sci Rep. 2019 Dec 17;9(1):19255. doi: 10.1038/s41598-019-55896-z. Erratum in: Sci Rep. 2020 Mar 6;10(1):4511.

·        Bukato O, Pobeguts O, Rakitina D, Baikova J, Butenko I, Silantyev A, Fisunov G, Govorun V. Proteomic dataset: Profiling of membrane fraction of Escherichia coli isolated from Crohn's disease patients after adhesion and invasion experiments. Data Brief. 2019 Aug 20;27:104417. doi: 10.1016/j.dib.2019.104417.

·        Archakov AI, Aseev AL, Bykov VA, Grigoriev AI, Govorun VM, Ilgisonis EV, Ivanov YD, Ivanov VT, Kiseleva OI, Kopylov AT, Lisitsa AV, Mazurenko SN, Makarov AA, Naryzhny SN, Pleshakova TO, Ponomarenko EA, Poverennaya EV, Pyatnitskii MA, Sagdeev RZ, Skryabin KG, Zgoda VG. Challenges of the Human Proteome Project: 10-Year Experience of the Russian Consortium. J Proteome Res. 2019 Dec 6;18(12):4206-4214. doi: 10.1021/acs.jproteome.9b00358.

·        Olekhnovich EI, Manolov AI, Samoilov AE, Prianichnikov NA, Malakhova MV, Tyakht AV, Pavlenko AV, Babenko VV, Larin AK, Kovarsky BA, Starikova EV, Glushchenko OE, Safina DD, Markelova MI, Boulygina EA, Khusnutdinova DR, Malanin SY, Abdulkhakov SR, Abdulkhakov RA, Grigoryeva TV, Kostryukova ES, Govorun VM, Ilina EN. Shifts in the Human Gut Microbiota Structure Caused by Quadruple Helicobacter pylori Eradication Therapy. Front Microbiol. 2019 Aug 27;10:1902. doi: 10.3389/fmicb.2019.01902.

·        Fesenko I, Kirov I, Kniazev A, Khazigaleeva R, Lazarev V, Kharlampieva D, Grafskaia E, Zgoda V, Butenko I, Arapidi G, Mamaeva A, Ivanov V, Govorun V. Distinct types of short open reading frames are translated in plant cells. Genome Res. 2019 Sep;29(9):1464-1477. doi: 10.1101/gr.253302.119.

·        Rakitina D, Baikova J, Pobeguts O, Bukato O, Butenko I, Garanina I, Levites M, Manolov A, Kanygina A, Kostryukova E, Semashko T, Karpova I, Babenko V, Scherbakov P, Khalif I, Shapina M, Parfenov A, Ruchkina I, Knyazev O, Fadeeva N, Subbotin A, Chamkin S, Pyrkh A, Ivantsova M, Govorun V. Proteomic dataset: Profiling of cultivated Echerichia coli isolates from Crohn's disease patients and healthy individuals. Data Brief. 2019 Mar 7;23:103734. doi: 10.1016/j.dib.2019.103734.

·        Shitikov E, Guliaev A, Bespyatykh J, Malakhova M, Kolchenko S, Smirnov G, Merker M, Niemann S, Mokrousov I, Ilina E, Govorun V. The role of IS6110 in micro- and macroevolution of Mycobacterium tuberculosis lineage 2. Mol Phylogenet Evol. 2019 Oct;139:106559. doi: 10.1016/j.ympev.2019.106559.

·        Guilherme JPLF, Egorova ES, Semenova EA, Kostryukova ES, Kulemin NA, Borisov OV, Khabibova SA, Larin AK, Ospanova EA, Pavlenko AV, Lyubaeva EV, Popov DV, Lysenko EA, Vepkhvadze TF, Lednev EM, Govorun VM, Generozov EV, Ahmetov II, Lancha Junior AH. The A-allele of the FTO Gene rs9939609 Polymorphism Is Associated With Decreased Proportion of Slow Oxidative Muscle Fibers and Over- represented in Heavier Athletes. J Strength Cond Res. 2019 Mar;33(3):691-700. doi: 10.1519/JSC.0000000000003032.

·        Shender V, Arapidi G, Butenko I, Anikanov N, Ivanova O, Govorun V. Peptidome profiling dataset of ovarian cancer and non-cancer proximal fluids: Ascites and blood sera. Data Brief. 2018 Dec 19;22:557-562. doi: 10.1016/j.dib.2018.12.056.

·        Fesenko I, Azarkina R, Kirov I, Kniazev A, Filippova A, Grafskaia E, Lazarev V, Zgoda V, Butenko I, Bukato O, Lyapina I, Nazarenko D, Elansky S, Mamaeva A, Ivanov V, Govorun V. Phytohormone treatment induces generation of cryptic peptides with antimicrobial activity in the Moss Physcomitrella patens. BMC Plant Biol. 2019 Jan 7;19(1):9. doi: 10.1186/s12870-018-1611-z.

·        Tyakht AV, Manolov AI, Kanygina AV, Ischenko DS, Kovarsky BA, Popenko AS, Pavlenko AV, Elizarova AV, Rakitina DV, Baikova JP, Ladygina VG, Kostryukova ES, Karpova IY, Semashko TA, Larin AK, Grigoryeva TV, Sinyagina MN, Malanin SY, Shcherbakov PL, Kharitonova AY, Khalif IL, Shapina MV, Maev IV, Andreev DN, Belousova EA, Buzunova YM, Alexeev DG, Govorun VM. Genetic diversity of Escherichia coli in gut microbiota of patients with Crohn's disease discovered using metagenomic and genomic analyses. BMC Genomics. 2018 Dec 27;19(1):968. doi: 10.1186/s12864-018-5306-5.

·        Garanina IA, Fisunov GY, Govorun VM. BAC-BROWSER: The Tool for Visualization and Analysis of Prokaryotic Genomes. Front Microbiol. 2018 Nov 21;9:2827. doi: 10.3389/fmicb.2018.02827.

·        Yvert TP, Zempo H, Gabdrakhmanova LJ, Kikuchi N, Miyamoto-Mikami E, Murakami H, Naito H, Cieszczyk P, Leznicka K, Kostryukova ES, Alexeev DG, Egorova ES, Maciejewska-Skrendo A, Larin AK, Generozov EV, Kulemin NA, Ospanova EA, Pavlenko AV, Sawczuk M, Zmijewski P, Lulinska-Kuklik E, Govorun VM, Miyachi M, Ahmetov II, Fuku N. AGTR2 and sprint/power performance: a case-control replication study for rs11091046 polymorphism in two ethnicities. Biol Sport. 2018 Jun;35(2):105-109. doi: 10.5114/biolsport.2018.71599.

·        Popova AA, Semashko TA, Kostina NV, Rasmussen U, Govorun VM, Koksharova OA. The Cyanotoxin BMAA Induces Heterocyst Specific Gene Expression in Anabaena sp. PCC 7120 under Repressive Conditions. Toxins (Basel). 2018 Nov 16;10(11):478. doi: 10.3390/toxins10110478.

·        Stepanov G, Zhuravlev E, Shender V, Nushtaeva A, Balakhonova E, Mozhaeva E, Kasakin M, Koval V, Lomzov A, Pavlyukov M, Malyants I, Zhorov M, Kabilova T, Chernolovskaya E, Govorun V, Kuligina E, Semenov D, Richter V. Nucleotide Modifications Decrease Innate Immune Response Induced by Synthetic Analogs of snRNAs and snoRNAs. Genes (Basel). 2018 Nov 2;9(11):531. doi: 10.3390/genes9110531.

·        Babalyan K, Sultanov R, Generozov E, Sharova E, Kostryukova E, Larin A, Kanygina A, Govorun V, Arapidi G. LogLoss-BERAF: An ensemble-based machine learning model for constructing highly accurate diagnostic sets of methylation sites accounting for heterogeneity in prostate cancer. PLoS One. 2018 Nov 2;13(11):e0204371. doi: 10.1371/journal.pone.0204371.

·        Rubtsova M, Naraykina Y, Vasilkova D, Meerson M, Zvereva M, Prassolov V, Lazarev V, Manuvera V, Kovalchuk S, Anikanov N, Butenko I, Pobeguts O, Govorun V, Dontsova O. Protein encoded in human telomerase RNA is involved in cell protective pathways. Nucleic Acids Res. 2018 Sep 28;46(17):8966-8977. doi: 10.1093/nar/gky705.

·        Rands CM, Starikova EV, Brüssow H, Kriventseva EV, Govorun VM, Zdobnov EM. ACI-1 beta-lactamase is widespread across human gut microbiomes in Negativicutes due to transposons harboured by tailed prophages. Environ Microbiol. 2018 Jun;20(6):2288-2300. doi: 10.1111/1462-2920.14276.

·        Bespyatykh J, Smolyakov A, Guliaev A, Shitikov E, Arapidi G, Butenko I, Dogonadze M, Manicheva O, Ilina E, Zgoda V, Govorun V. Proteogenomic analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster strains. J Proteomics. 2019 Feb 10;192:18-26. doi: 10.1016/j.jprot.2018.07.002.

·        Anufrieva KS, Shender VО, Arapidi GP, Pavlyukov MS, Shakhparonov MI, Shnaider PV, Butenko IO, Lagarkova MA, Govorun VM. Therapy-induced stress response is associated with downregulation of pre-mRNA splicing in cancer cells. Genome Med. 2018 Jun 27;10(1):49. doi: 10.1186/s13073-018-0557-y.

·       PavlyukovMS, Hai Yu, Bastola S, Minata M, Shender VO, Lee Y, Zhang S, Wang J, Komarova S, Wang J, Yamaguchi S, Alsheikh HA, Shi J, Chen D, Mohyeldin A, Sung-Hak Kim, Yong Jae Shin, Anufrieva K, Evtushenko E, Antipova NV, Arapidi GP, Govorun VM, Pestov NB, Shakhparonov MI, L. James Lee, Do-Hyun Nam, NakanoI. Apoptotic Cell-Derived Extracellular Vesicles Promote Malignancy of Glioblastoma Via Intercellular Transfer of Splicing Factors. Cancer Cell. 2018 Jul 9; 34(1): 119—135. e10, DOI: /doi.org/10.1016/j.ccell.2018.05.012

·       Anufrieva KS, Shender VО, Arapidi GP, Pavlyukov MS, Shakhparonov MI, Shnaider PV, Butenko IO, Lagarkova MA, Govorun VM. Therapy-induced stress response is associated with downregulation of pre-mRNA splicing in cancer cells. Genome Med. 2018 Jun 27;10(1):49. doi: 10.1186/s13073-018-0557-y.

·       Fisunov GY, Evsyutina DV, Manuvera VA, Govorun VM. Binding site of restriction-modification system controller protein in Mollicutes. BMC Microbiology. 2017 17, 1, 1-7. DOI: 10.1186/s12866-017-0935-4.

·       Fisunov GY, Evsyutina DV, Garanina IA, Arzamasov AA, Butenko IO, Altukhov IA, Nikitina AS, Govorun VM. Ribosome profiling reveals an adaptation strategy of reduced bacterium to acute stress Biochimie. 2017 Jan; 132:66-74. doi: 10.1016/j.biochi.2016.10.015

·       Fisunov GY, Evsyutina DV, Semashko TA, Arzamasov AA, Manuvera VA, Letarov AV, Govorun VM. Binding site of MraZ transcription factor in Mollicutes. Biochimie.2016 Jun;125:59-65. doi: 10.1016/j.biochi.2016.02.016.

·       Mazin PV, Fisunov GY, Gorbachev AY, Kapitskaya KY, Altukhov IA, Semashko TA, Alexeev DG, Govorun VM. Transcriptome analysis reveals novel regulatory mechanisms in a genome-reduced bacterium. Nucleic Acids Res. 2014 Dec 1;42(21):13254-68. doi: 10.1093/nar/gku976.

·       Gusev O, Suetsugu Y, Cornette R, Kawashima T, Logacheva MD, Kondrashov AS, Penin AA, Hatanaka R, Kikuta S, Shimura S, Kanamori H, Katayose Y, Matsumoto T, Shagimardanova E, Alexeev D, Govorun V, Wisecaver J, Mikheyev A, Koyanagi R, Fujie M, Nishiyama T, Shigenobu S, Shibata TF, Golygina V, Hasebe M, Okuda T, Satoh N, Kikawada T. Comparative genome sequencing reveals genomic signature of extreme desiccation tolerance in the anhydrobiotic midge. Nat Commun. 2014 Sep 12;5:4784. doi: 10.1038/ncomms5784.

·       Vanyushkina AA, Fisunov GY, Gorbachev AY, Kamashev DE, Govorun VM. Metabolomic analysis of three mollicute species. PLoS One. 2014; 9(3): e89312. doi: 10.1371/journal.pone.0089312

·       Gorbachev AY, Fisunov GY, Izraelson M, Evsyutina DV, Mazin PV, Alexeev DG, Pobeguts OV, Gorshkova TN, Kovalchuk SI, Kamashev DE, Govorun VM. DNA repair in Mycoplasma gallisepticum. BMC Genomics 2013;14:726. doi: 10.1186/1471-2164-14-726.

·       Shashkova T, Popenko A, Tyakht A, Peskov K, Kosinsky Y, Bogolubsky L, Raigorodskii A, Ischenko D, Alexeev D, Govorun V. Agent based modeling of human gut microbiome interactions and perturbations. PLoS One. 2016 Feb 19;11(2): e0148386. doi: 10.1371/journal.pone.0148386.

·       Tyakht AV, Kostryukova ES, Popenko AS, Belenikin MS, Pavlenko AV, Larin AK, Karpova IY, Selezneva OV, Semashko TA, Ospanova EA, Babenko VV, Maev IV, Cheremushkin SV, Kucheryavyy YA, Shcherbakov PL, Grinevich VB, Efimov OI, Sas EI, Abdulkhakov RA, Abdulkhakov SR, Lyalyukova EA, Livzan MA, Vlassov VV, Sagdeev RZ, Tsukanov VV, Osipenko MF, Kozlova IV, Tkachev AV, Sergienko VI, Alexeev DG, Govorun VM. Human gut microbiota community structures in urban and rural populations in Russia. Nat Commun. 2013;4:2469. doi: 10.1038/ncomms3469.

·       Fesenko I, Seredina A, Arapidi G, Ptushenko V, Urban A, Butenko I, Kovalchuk S, Babalyan K, Knyazev A, Khazigaleeva R, Pushkova E, Anikanov N, Ivanov V, Govorun VM. The Physcomitrella patens chloroplast proteome changes in response to protoplastation. Front Plant Sci. 2016 Nov 4;7:1661.

·       Fesenko IA, Arapidi GP, Skripnikov AY, Alexeev DG, Kostryukova ES, Manolov AI, Altukhov IA, Khazigaleeva RA, Seredina AV, Kovalchuk SI, Ziganshin RH, Zgoda VG, Novikova SE, Semashko TA, Slizhikova DK, Ptushenko VV, Gorbachev AY, Govorun VM, Ivanov VT. Specific pools of endogenous peptides are present in gametophore, protonema, and protoplast cells of the moss Physcomitrella patens. BMC Plant Biology 2015 15:87 doi: 10.1186/s12870-015-0468-7.

·       Ziganshin RH, Ivanova OM, Lomakin YA, Belogurov AA Jr, Kovalchuk SI, Azarkin IV, Arapidi GP, Anikanov NA, Shender VO, Piradov MA, Suponeva NA, Vorobyeva AA, Gabibov AG, Ivanov VT, Govorun VM. The pathogenesis of the demyelinating form of Guil-lain-Barre Syndrome (GBS): Proteo-peptidomic and immunological profiling of physiological fluids. Mol Cell Proteomics. 2016 Jul;15(7):2366-78. doi: 10.1074/mcp.M115.056036.

 


>