-
Для всех существующих пространственных структур калиевых каналов обобщен механизм их селективности к ионам K+, основанный на формировании селективным фильтром белка особой хелатирующей структуры, воспроизводящей квадратную антипризму сольватированного K+ в водном растворе (Scherbakov, Vassilevski, Chugunov, 2025);
-
Разработан статистический подход TCRen к оценке пептидных эпитопов в системах Т-рецептор–пептид-MHC, основанный на пространственном моделировании и построении карт контактов (Karnaukhov, Shcherbinin, Chugunov et al., 2024);
-
Молекулярный дизайн кислотной устойчивости в пищеварительном ферменте катепсине — основа для борьбы с целиакией (непереносимостью глютена) с помощью принимаемого с едой белкового препарата (Chugunov et al., 2023);
-
Изучение молекулярной динамики (МД) GPI-заякоренных в мембране нейромодуляторов из семейства Ly6/uPAR (Zaigraev, …, Chugunov, 2022);
-
Изучение механизма селективного распознавания липидов трансмембранными трансацилирующими ферментами семейства DHHC (Panina et al., 2022a, b);
-
Моделирование пространственной структуры и предсказание специфичности распознавания гистоновых меток белка PHF10 — субъединицы хроматин-ремоделирующего комплекса PBAF (Chugunov et al., 2021);
-
Разработка методики “белковой топографии” (Protein Surface Topography) для выявления структурно-функциональных зависимостей в биоактивных пептидах (Koromyslova, Chugunov, Efremov, 2014);
-
Применение этой методики для рационального объяснения селективного действия инсекто- и млекотоксинов из яда скорпионов (Chugunov et al., 2013; Chernykh et al., 2021, 2024; Zavarzina, …, Chugunov, 2024);
-
Рациональный дизайн аналогов конотоксинов — высокоаффинных пептидных лигандов ацетилхолиновых рецепторов никотинового типа (с применением упомянутой методики) (Kasheverov, Chugunov, et al., 2016);
-
Дизайн высокоаффинных и селективных блокаторов потенциалчувствительных калиевых каналов на основе альфа-гарпининового фолда (Berkut, Chugunov et al., 2019; Gigolaev et al., 2020; Tabakmakher et al., 2021);
-
Моделирование взаимодействия кислоточувствительного канала ASIC с недавно открытым его лигандом севанолом (Belozerova et al., 2020);
-
Выявление возможного механизма температурной чувствительности ионного канала TRPV1 (Chugunov et al., 2016) и эффектов точечных мутаций на структуру и функции этого канала (Lubova et al., 2020);
-
Предсказание строения комплексов различных биоактивных пептидов (главным образом, нейротоксинов и нейромодуляторов) с их рецепторами на основании данных эксперимента и моделирования МД (Shenkarev et al., 2022 и др.);
-
Объяснение физико-химических свойств биомембраны архей на основе химической структуры образующих их липидов (на основе методов МД и “картирования” мембраны) (Chugunov et al., 2014);
-
Изучение особенностей бактериальной биомембраны, содержащей липид II — ключевой компонент синтеза бактериальной стенки (на основе метода МД и “картирования” мембраны) (Chugunov et al., 2013). Кроме этого, определение “низинового фармакофора” (Panina et al., 2020) и расширение его на триаду родственных пептидов: низина, эпидермина, галлидермина (Panina et al., 2021);
-
Разработка ряда методов вычислительной структурной биологии до уровня веб-сервисов: PLATINUM (вычисление и анализ свойств молекулярной гидрофобности; Pyrkov et al.; 2009; Efremov, Chugunov et al., 2007), PREDDIMER (предсказание строения трансмембранных пептидных димеров рецепторных тирозинкиназ; Polyansky, Chugunov, et al., 2013) и KALIUM (база данных по биологической активности пептидных блокаторов калиевых каналов из яда скорпионов; Kuzmenkov et al., 2016).
