Лаборатория мультиомиксных исследований

Общая информация о задачах и составе лаборатории

Лаборатория обеспечивает проведение высокотехнологичных и высокопроизводительных анализов для решения задач Института.

Сейчас в составе лаборатории работают несколько групп, каждая из которых поддерживает одну из областей технологий: высокопроизводительное секвенирование, масс-спектрометрия, автоматизированный химический синтез.

Лаборатория выполняет высокотехнологичные анализы сложносоставных биологических образцов различного происхождения методами высокопроизводительного секвенирования на приборах 2-го (MGI, Illumina) и 3-го поколения (Oxford Nanopore Technologies), секвенирования по Сэнгеру, а также методами ВЭЖХ-МС с помощью масс-спектрометров высокого разрешения на основе орбитальной ионной ловушки и высокочувствительных масс-спектрометров типа "тройной квадруполь". Кроме того, в лаборатории осуществляется синтез пептидов жидкофазным и автоматизированным твердофазным методами, в том числе, меченных стабильными изотопами пептидных стандартов для протеомики. Также в лаборатории запущен технологический цикл высокопараллельного синтеза олигонуклеотидов для использования в качестве праймеров и в сборке генов методом ПЦР.

Задачи, решаемые лабораторией, ставятся пользователями в ходе работ по нескольким видам проектов:

Также сотрудники лаборатории ведут собственные научные исследования и разработки. Среди основных направлений:

Группа высокопроизводительного секвенирования

Выполняемые работы

• Выделение нуклеиновых кислот (ДНК, РНК) из биологического материала (в том числе использованием автоматических станций для выделения).

• Постановка реакции ПЦР (в том числе в режиме реального времени).

• Детекция продуктов амплификации методом гель-электрофореза и капиллярного гель-электрофореза.

• Подготовка библиотек для секвенирования с помощью реагентов и по протоколам ведущих производителей реагентов, а также с помощью протоколов, адаптированных для работы с реагентами российского производства и реагентами, производимыми в НИИ СБМ.

• Секвенирование по Сэнгеру с применением генетического анализатора Honor 1616.

• Осуществление высокопроизводительного секвенирования на платформах Oxford Nanopore Technologies ((Великобритания), MGI sequencing platforms (Китай), Illumina (США).

• Разработка новых протоколов для подготовки библиотек к секвенированию и создание методических рекомендаций по секвенированию геномов патогенов человека и животных.

• Полногеномное секвенирование геномов вируса SARS-CoV-2 с целью отслеживания его изменчивости и распространения.

• Проведение курсов по обучению секвенированию.

• Выполнение экспертных исследований.

Оборудование

• Высокопроизводительные секвенаторы (NGS):

  • GridION, Oxford Nanopore Technologies (Великобритания);
  • PromethION, Oxford Nanopore Technologies (Великобритания);
  • DNBSEQ-G400, MGI sequencing platforms (Китай).

• Секвенирование по Сэнгеру:

  • Генетический анализатор Honor 1616 для секвенирования и фрагментного анализа.

• Роботизированная станция для подготовки библиотек для высокопроизводительного секвенирования (NGS) Tecan Freedom EVO, Tecan (Швейцария).

• Роботизированные станции для выделения нуклеиновых кислот KingFisher Apex Benchtop Sample Prep, ThermoFisher Scientific (США).

• Электрофорез:

  • Система автоматизированного электрофореза 4200 TapeStation, Agilent Technologies (США);
  • Гель- и хемидокументирующая система iBright, ThermoFisher Scientific (США);
  • Системы капиллярного электрофореза Qsep для проведения фрагментного анализа ДНК и РНК.

Научные интересы

• Разработка новых методов определения последовательностей геномов патогенов человека, животных и растений.

• Молекулярная эпидемиология и геномика SARS-CoV-2. Проводим секвенирование полных геномов SARS-CoV-2, в связи с чем собираем коллекцию биологических образцов от пациентов с подозрением или с диагнозом COVID-19. В настоящее время в коллекции более 10 тысяч образцов, собранных в период с января 2022 по сентябрь 2023. Коллекция продолжает увеличиваться.

• Исследование ко-инфекций и суперинфекций SARS-CoV-2. Явление, при котором в организме пациента присутствуют одновременно два или более вариантов одного вируса или нескольких разных вирусов-возбудителей, называют двойной инфекцией. Часто двойные инфекции либо протекающие последовательно переносятся более тяжело, выше риск осложнений. Поэтому важно уметь проводить оценку частоты двойных инфекций в популяции в период подъёма заболеваемости.

• Разработка новых методов проведения метагеномного анализа сложносоставных биологических образцов, например: определение состава продуктов питания, определение композиционного состава природных бактериальных сообществ.

• Исследование коэволюции геномов патогенных вирусов и хозяина. Филогенетика и филогеография коронавирусов. Это большая работа, рассчитанная на несколько лет. Мы проводим ее в коллаборации с коллегами из других научных организаций Российской Федерации, (из Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска), а также с исследователями из других стран. В настоящее время опубликовано несколько статей с промежуточными результатами исследований. Мы открыты для взаимодействия и создания новых коллабораций.

• Изучение новых потенциально патогенных вирусов из рукокрылых, насекомоядных и иных теплокровных животных (совместно с биологическим факультетом МГУ им. М.В. Ломоносова, Санкт-Петербургским НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Институтом проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН).

• Собираем банк биологических образцов от млекопитающих. В настоящее время в коллекции более 500 образцов ротоглоточных или анальных мазков от рукокрылых, пойманных на территории Российской Федерации, сопредельных и дружественных государств (Монголии, Ирана), собранных на протяжении восьми лет, с 2015 по 2023 год, в коллаборации с сотрудниками биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова. Также с 2022 коллекция пополняется образцами от насекомоятных (ежи, бурозубки, кроты), таже с помощью коллег из МГУ им. М.В. Ломоносова, Институтом проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН, а также волонтерских объединений.

• Методами высокопроизводительного секвенирования тотальной РНК, а также с помощью таргетного секвенирования исследуем различные вирусы из образцов от вышеперечисленных животных. Основным предметом нашего интереса являются коронавирусы (Сoronaviridae), однако попутно мы занимаемся генетической характеристикой иных вирусов, которых идентифицируем в анализируемых образцах, например Rhabdoviridae (род Lyssavirus), Nodaviridae, Picobirnaviridae, Adenoviridae и другие. Наши исследования направлены на изучение эволюции и экологии вирусов.

Группа масс-спектрометрии

Выполняемые работы

• Прицельный (таргетный) количественный ВЭЖХ-МС анализ пептидов и метаболитов.

• Панорамный качественный и количественный протеомный ВЭЖХ-МС анализ.

• Подготовка проб (в том числе, автоматизированная) для всех выполняемых видов анализа из препаратов плазмы крови и других биологических жидкостей или тканей человека и животных, биомассы бактериальных культур или клеточных линий.

• Обработка данных и интерпретация результатов всех выполняемых видов анализа.

• Разработка и валидация аналитических методик для белков и метаболитов плазмы крови человека.

Оборудование

• Две ВЭЖХ-МС системы для прицельного анализа на основе масс-спектрометров типа тройной квадруполь QTrap 6500+ производства Sciex (США), сопряженных с системами УВЭЖХ семейства ExionLC AD производства Shimadzu (Япония).

• Две ВЭЖХ-МС системы для панорамного анализа на основе масс-спектрометров типа орбитальной ионной ловушки Exploris 480 производства Thermo (США), сопряженных с системами нанопоточной ВЭЖХ семейства Ultimate 3000 производства Thermo (США).

• Многорежимная ВЭЖХ система семейства Ultimate 3000 производства Thermo (США);

• Роботизированная станция для подготовки проб для протеомного анализа Tecan Freedom EVO, Tecan (Швейцария).

Научные интересы

• Разработка аналитических панелей для белков плазмы крови человека.

• Разработка аналитических панелей для метаболитов в плазме крови человека.

• Разработка новых методов обработки данных протеомного анализа.

• Автоматизация подготовки протеомного эксперимента и обработки его результатов.

• Создание автоматизированных инструментов для контроля состояния парка ВЭЖХ-МС оборудования.

• Создание инструментов и алгоритмов для анализа научных публикаций.

О наших технологиях и интересах

Разработка аналитических панелей для белков плазмы крови человека

На данный момент существует более 100 рекомендованных анализов, включающих определение содержания отдельных белков в плазме или сыворотке крови. Большинство из них основано на оценке ферментативной активности целевых белков или иммунологическом анализе, при которых для интерпретации результатов привлекаются дополнительные сведения о пациентах и экспертное мнение лечащего врача. За исключением единичных случаев, не используется соотношение представленностей нескольких белков (ASAT/ALAT, sFlt‐1/PlGF), что необходимо при разработке комплексных диагностических панелей.

Одной из причин, затрудняющих применение количественных данных о представленности белков в плазме крови является ограниченная специфичность колориметрических ферментативных тестов и иммунологических анализов. Для методов протеомного анализа, основанных на масс-спектрометрии, напротив, характерна высокая специфичность при большей чувствительности, что делает анализы на основе ВЭЖХ-МС применимыми при разработке сложных диагностических панелей.

Группа автоматизированного химического синтеза

Выполняемые работы

• Высокопроизводительный синтез олигонуклеотидов.

• Стандартизация растворов олигонуклеотидов для дальнейшего использования в сборке геномов по Гибсону.

• Синтез пептидов и пептидомиметиков произвольной сложности (кислот и амидированных).

• Выделение и приготовление готовых форм пептидных стандартов.

• Оперативная аналитика и контроль качества и чистоты получаемых пептидов.

• Препаративная очистка пептидов методами твердофазной экстракции, обращенно-фазовой ВЭЖХ, ионообменной и эксклюзионной хроматографии.

• Синтез пептидных библиотек эпитопов для разработки пептидных вакцин.

• Синтез панелей меченных стабильными изотопами пептидных стандартов для целей протеомики.

Оборудование Центра

• 4-канальный пептидный синтезатор PurePep® Chorus (США).

• Система препаративной очистки пептидов среднего давления FPLC ÄKTA pure 25 производства Cytiva (США).

• Высокопроизводительный 768-канальный синтезатор ДНК и РНК олигонуклиотидов Dr. Oligo 768XLc - 2 x 384 производства Biolytic (США).

• Лиофильная настольная сушка для получения готовых форм FreeZone 2.5 Liter -84C производства Labconco (США).

Научные интересы

• Синтез пептидомиметиков и разработка перспективных пептидных препаратов.

• Новые подходы к автоматизации и внедрению принципов зеленой химии в области пептидного синтеза.

• Разработка пептидных вакцин.

• Создание новых пептидных векторов доставки радиоактивных изотопов для использования в ядерной медицине.

• Фторорганическая химия и фоторедокс-катализ.

О наших технологиях и интересах

Синтез изотопно-меченых пептидных стандартов для протеомики

Основной фронт работ нашей группы лежит в области твердофазного пептидного синтеза. Хорошее приборное оснащение (пептидный синтезатор PurePep® Chorus, FPLC система AKTA 25 Pure) позволяет нам осуществлять полный цикл получения панелей пептидных стандартов, в том числе меченых стабильными изотопами 13C и 15N для проведения протеомных исследований.

Синтез олигонуклеотидов и сборка генов

Кроме того, наша группа занимается синтезом олигонуклеотидов и принимает участие в процессе сборки геномов по Гибсону. В нашей группе введен в эксплуатацию 768-канальный синтезатор олигонуклеотидов Dr. Oligo 768XLc DNA RNA Synthesizer.

Синтез пептидомиметиков и разработка перспективных пептидных препаратов

Хотя общая доля пептидов на рынке фармпрепаратов не очень велика (около 5%, и половина выручки - продажи инсулина), она стабильно растет на 7.7% каждые 10 лет. На начало 2021 года 80 пептидных препаратов было представлено на рынке, 150 находились в клинике и ~400–600 проходили предклинические испытания. Наверное, не будет большим преувеличением сказать, что будущее фармацевтики связано с пептидами.

Для решения проблем стабильности пептидов in vivo, отражающихся на фармакокинетике и биодоступности пептидных препаратов, необходимо совершенствовать структуру, создавая аналоги природных пептидов (например, посредством использования D-аминокислот) – пептидомиметики.

Новые подходы к автоматизации и внедрению принципов зеленой химии в области пептидного синтеза

Классический твердофазный синтез пептидов характеризуется большими расходами реагентов, в том числе токсичных растворителей, что идет вразрез с принципами зеленой химии и все повышающимися этическими требованиями и рекомендациями регуляторов к экологичности химических процессов.

Перенос методологии SPPS в двухфазные жидкие реакционные системы через применение новых растворимых в органической фазе носителей пептидной цепи позволит уменьшить избытки реагентов и заменить растворители на те, которые меньше угрожают окружающей среде.

Разработка пептидных вакцин

Chemical structures of peptide components of Alzheimer peptide vaccines CAD106 and ACI-35. Работы по пептидным вакцинам включают в себя синтез библиотек вирусных эпитопов. Это перспективная и интенсивно развивающаяся в мире тематика, которая включает в себя разработку вакцин, применяющихся в борьбе против рака, SARS-CoV-2, болезни Альцгеймера.

Создание новых пептидных векторов доставки радиоактивных изотопов для использования в ядерной медицине

Пептидные препараты уже хорошо себя зарекомендовали в качестве специфичных и эффективных векторов доставки для целей ядерной медицины. В частности, ПЭТ/ОФЭКТ сканы стали неотъемлемой частью диагностики онкологических заболеваний и проведения терапии. Развитие направления связано с разработкой новых векторов доставки и разработкой эффективных комплексонов для технеция с использованием пептидомиметиков.

Пептидный катализ

Изучение механизмов катализа органических реакций короткими пептидами – перспективный «bottom-up» подход к созданию «искусственных ферментов» и изучению деталей механизмов функционирования природных ферментов.

Наши публикации 

2024

Speranskaya AS, Dorokhin AV, Korneenko EV, Chudinov IK, Samoilov AE, Kruskop SV. A novel mastadenovirus from N. noctula which represents a distinct evolutionary branch of viruses infecting bats in Europe. Viruses 2024, 16(8), 1207; doi: 10.3390/v16081207

Korneenko EV, Samoilov AE, Chudinov IK, Butenko IO, Sonets IV, Artyushin IV, Yusefovich AP, Kruskop SV, Sinitsyn SO, Klyuchnikova EO, Gladkikh AS, Dedkov VG, Safonova MV, Daszak P, Speranskaya AS. Alphacoronaviruses from bats captured in European Russia in 2015 and 2021 are closely related to those of Northern Europe. Front Ecol Evol. 2024, Vol. 12, doi: 10.3389/fevo.2024.1324605

2023

Speranskaya AS, Artyushin IV, Samoilov AE, Korneenko EV, Khabudaev K, Ilina EN, Yusefovich AP, Safonova MV, Dolgova AS, Gladkikh AS, Dedkov VG, Daszak P. Identification and genetic characterization of MERS-related coronavirus isolated from Nathusius pipistrelle (Pipistrellus nathusii) near Zvenigorod (Moscow region, Russia), Int J Environmental Res & Public Health 2023. 20(4), 3702. doi: /10.3390/ijerph20043702

Kuznetsova SS, Speranskaya AS, Lisenkova AA, Kruskop SV. The complete mitochondrial genome of Glischropus bucephalus (Vespertilionidae; Chiroptera) provides new evidence for Pipistrellus paraphyly. Diversity 2023, 15, 1085. doi: 10.3390/d15101085

Tsavkelova EA, Churikovа OA, Volynchikova EA, Sapun SS,·Leontieva MR, Speranskaya AS, Konorov EA,·Krinitsina AA. Plant‑associated bacteria of Syringa vulgaris L. in an urban environment. Plant Soil 2023, doi: 10.1007/s11104-023-06417-5. Аннотацию статьи см. здесь.

Литвинова ММ, Хафизов КФ, Сперанская АС, Мацвай АД, Асанов АЮ, Никольская КА, Винокурова ЛВ, Дубцова ЕА, Ипатова МГ, Мухина ТФ, Карнаушкина МА, Бордин ДС. Спектр вариантов генов PRSS1, SPINK1, CTRC, CFTR и CPA1 у пациентов с хроническим панкреатитом в России. Современные технологии в медицине. 2023, 15 (2): 60. doi: 10.17691/stm2023.15.2.06

Грицышин ВА, Лисенкова АА, Сперанская АС, Артюшин ИВ, Шефтель БИ, Лебедев ВС, Банникова АА. Мультилокусный анализ филогенетических отношений в видовом комплексе Crocidura suaveolens sensu lato: сравнение с митохондриальными данными. Доклады Российской академии наук. Науки о жизни 2023, 509 (1): 147-154. doi: 10.31857/S2686738922600820.

2022

Morozkin ES, Makenov MT, Zhurenkova OB, Kholodilov IS, Belova OA, Radyuk EV, Fyodorova MV, Grigoreva YE, Litov AG, Valdokhina AV, Bulanenko VP, Samoilov AE, Korneenko EV, Voizekhovskaya YA, Neverov AD, Karganova GG, Karan LS. Integrated jingmenvirus polymerase gene in Ixodes ricinus genome. 2022. Viruses 14(9): 1908

Корнеенко EВ, Самойлов АE, Артюшин ИВ, Юзефович АП, Долотова СМ, Ключникова ЕО, Сбарцалья ВА, Гладких АС, Дедков ВГ, Сперанская АС. «Альфакоронавирусы, выявленные в образцах фекалий летучих мышах, пойманных на территории Москвы и Ростова-на-Дону в 2021 году», Медицинский академический журнал том 22, № 2, 2022.  doi: 10.17816/MAJ108718

Акимкин ВГ, Попова АЮ, Хафизов КФ, Дубоделов ДВ, Углева СВ, Семененко ТА, Плоскирева АА, Горелов АВ, Пшеничная НЮ, Ежлова ЕБ, Летюшев АН, Демина ЮВ, Кутырев ВВ, Максютов РА, Говорун ВМ, Дятлов ИА, Тотолян АА, Куличенко АН, Балахонов СВ, Рудаков НВ, Троценко ОЕ, Носков АК, Зайцева НН, Топорков АВ, Лиознов ДА, Андреева ЕЕ, Микаилова ОМ, Комаров АГ, Ананьев ВЮ, Молдованов ВВ, Логунов ДЮ, Гущин ВА, Дедков ВГ, Черкашина АС, Кузин СН, Тиванова ЕВ, Кондрашева ЛН, Саенко ВВ, Селезов СЮ, Гасанов ГА, Сванадзе НХ, Глазов МБ, Остроушко   АА, Миронов КО, Есьман АС, Осина НА, Боднев СА, Комиссаров АБ, Даниленко ДМ, Богун АГ, Скрябин ЮП, Лопатовская КВ, Штрек СВ, Волынкина АС, Гладких АС, Котова ВО, Водопьянов АС, Новикова НА, Сперанская АС, Самойлов АЕ, Неверов АД, Шпак ИМ. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. ЖМЭИ 2022;99(4):381–396. doi: 10.36233/0372-9311-295

Наша история

Omelchenko DO, Krinitsina AA, Kasianov AS, Speranskaya AS, Chesnokova OV, Polevova SV, Severova EE. Assessment of ITS1, ITS2, 5'-ETS, and trnL-F DNA barcodes for metabarcoding of poaceae pollen. Diversity 2022, 14 (3), 1-14, doi: 10.3390/d14030191.

Klink GV, Safina KR, Nabieva E, Shvyrev N, Garushyants S, Alekseeva E, Komissarov AB, Danilenko DM, Pochtovyi AA, Divisenko EV, Vasilchenko LA, Shidlovskaya EV, Kuznetsova NA Coronavirus Russian Genetics Initiative (CoRGI) Consortium, Speranskaya AS, Samoilov AE, Neverov AD, Popova AV, Fedonin GG; CRIE Consortium, Akimkin VG, Lioznov D, Gushchin VA, Shchur V, Bazykin GA. The rise and spread of the SARS-CoV-2 AY.122 lineage in Russia. Virus Evol. 2022. 8(1):veac017, doi: 10.1093/ve/veac017.

Belyaev ES, Kozhemyakin GL, Tyurin VS, Frolova VV, Lonin IS, Ponomarev GV, Buryak AK, Zamilatskov IA. Direct C–H borylation of vinylporphyrins via copper catalysis. Org Biomol Chem. 2022, 20, 1926-1932, doi.org/10.1039/D1OB02005F.

Fisunov GYu, Pobeguts OV, Ladygina VG, Zubov AI, Galyamina MA, Kovalchuk SI, Ziganshin RK, Evsyutina DV, Matyushkina DS, Butenko IO, Bukato ON, Veselovsky VA, Semashko TA, Klimina KM, Levina GA, Barhatova OI, Rakovskaya IV. Thymidine utilisation pathway is a novel phenotypic switch of Mycoplasma hominis. J Med Microbiol. 2022, 71(1), doi.org/10.1099/jmm.0.001468.

Morozkin ES, Makenov MT, Zhurenkova OB, Kholodilov IS, Belova OA, Radyuk EV, Fyodorova MV, Grigoreva YE, Litov AG, Valdokhina AV, Bulanenko VP, Samoilov AE, Korneenko EV, Voizekhovskaya Ya, Neverov AD, Karganova GG, Karan LS. Integrated Jingmenvirus polymerase gene in Ixodes ricinus genome. Viruses 2022, 14, 1908, doi.org/10.3390/v14091908.

Litvinova MM., Khafizov K, Korchagin VI, Speranskaya AS, Asanov AYu, Matsvay AD, Kiselev DA, Svetlichnaya DV, Nuralieva SZ, Moskalev AA, Filippova TV. Association of CASR, CALCR, and ORAI1 genes polymorphisms with the calcium urolithiasis development in russian population. Front Genet. 2021; 12: 621049, doi: 10.3389/fgene.2021.621049.

Scobeyeva VA, Artyushin IV, Krinitsina AA, Nikitin PA, Antipin MI, Kuptsov SV, Belenikin MS, Omelchenko DO, Logacheva MD, Konorov EA, Samoilov AE, Speranskaya AS. Gene loss, pseudogenization in plastomes of Genus allium (Amaryllidaceae), and putative selection for adaptation to environmental conditions. Front Genet. 2021; 12, 644783, doi: 10.3389/fgene.2021.674783.

Борисова НИ, Котов ИА, Колесников АА, Каптелова ВВ, Сперанская АС, Кондрашева ЛЮ, Тиванова ЕВ, Хафизов КФ, Акимкин ВГ. Мониторинг распространения вариантов SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbecovirus) на территории Московского региона с помощью таргетного высокопроизводительного секвенирования. Вопросы вирусологии. 2021, 66(4), 269-278, doi: 10.36233/0507-4088-72

Dedkov VG, Dolgova AS, Safonova MV, Samoilov AE, Belova OA, Kholodilov IS, Matsvay AD, Speranskaya AS, Karganova GG, Khafizov KF. Isolation and characterization of Wad Medani virus obtained in the Tuva Republic of Russia. Ticks Tick Borne Dis. 2021, 12(2): 101612, doi: 10.1016/j.ttbdis.2020.101612.

Kozhemyakin GL, Tyurin VS, Shkirdova AO, Belyaev ES, Kirinova ES, Ponomarev GV, Chistov AA, Aralov AV, Tafeenko VA, Zamilatskov IA. Carbene functionalization of porphyrinoids through tosylhydrazones. Org Biomol Chem. 2021, 19, 9199-9210, doi.org/10.1039/D1OB01626A.

Belyaev ES, Shkirdova AO, Kozhemyakin GL, Tyurin VS, Emets VV, Grinberg VA, Cheshkov DA, Ponomarev GV, Tafeenko VA, Radchenko AS, Kostyukov AA, Egorov AE, Kuzmin VA, Zamilatskov IA. Azines of porphyrinoids. Does azine provide conjugation between chromophores? Dyes Pigm. 2021, 191, 109354, doi.org/10.1016/j.dyepig.2021.109354.

Morgunova V, Kordyukova M, Mikhaleva EA, Butenko I, Pobeguts OV, Kalmykova A. Loss of telomere silencing is accompanied by dysfunction of Polo kinase and centrosomes during Drosophila oogenesis and early development. PLOS ONE 2021, 16(10): e0258156). doi.org/10.1371/journal.pone.0258156.

Arapidi G, Urban A, Shender V, Butenko I, Bukato O, Kuznetsov A, Ivanova O, Lopukhov L, Laikov A, Sharova N, Nikonova M, Mitin A, Martinov A, Grigorieva T, Ilina E, Ivanov V, Govorun V. Identification and analysis of exogenous peptides in human blood serum and plasma: Search for potential agents of interaction between the intestinal microbiota and the human body. FASEB J. 2021, 35(S1), doi.org/10.1096/fasebj.2021.35.s1.05345.

Koksharova OA, Butenko IO, Pobeguts OV, Safronova NA, Govorun VM. β-N-methylamino-l-alanine (BMAA) causes severe stress in Nostoc sp. PCC 7120 cells under diazotrophic conditions: A proteomic study. Toxins 2021, 13(5): 325, doi.org/10.3390/toxins13050325.

Kuleshov KV, Pavlova AS, Shedko ED, Mikhaylova YV, Margos G, Hepner S, Chebotar IV, Korneenko EV, Podkolzin AT, Akimkin VG. Mobile colistin resistance genetic determinants of non-typhoid Salmonella enterica isolates from Russia. Microorganisms 2021, 9, 2515, doi.org/10.3390/microorganisms9122515.

Safonova MV, Gmyl AP, Lukashev AN, Speranskaya AS, Neverov AD, Fedonin GG, Pimkina EV, Matsvay AD, Khafizov KF, Karganova GG, Kozlovskaya LI, Valdokhina AV, Bulanenko VP, Dedkov VG. Genetic diversity of Kemerovo virus and phylogenetic relationships within the Great Island virus genetic group. Ticks Tick Borne Dis, 2020, 11(2), doi: 10.1016/j.ttbdis.2019.101333.

Kruskop SV, Artyushin IV, Yusefovich AP, Undrakhbayar E, Speranskaya AS, Lisenkova AA, Bannikova AA, Lebedev VS. Genetic diversity of Mongolian long-eared bats (Plecotus; Vespertilionidae; Chiroptera). Acta Chiropterologica, 2020, 22(2), 243-255, doi: 10.3161/15081109ACC2020.22.2.002.

Safonova MV, Gmyl AP, Lukashev AN, Speranskaya AS, Neverov AD, Fedonin GG, Pimkina EV, Matsvay AD, Khafizov KF, Karganova GG, Kozlovskaya LI, Valdokhina AV, Bulanenko VP, Dedkov VG. Genetic diversity of Kemerovo virus and phylogenetic relationships within the Great Island virus genetic group. Ticks Tick Borne Dis. 2020,11(2), doi: 10.1016/j.ttbdis.2019.101333.

Сперанская АС, Каптелова В.В., Самойлов АЕ, Бухарина АЮ, Шипулина ОЮ, Корнеенко ЕВ, Акимкин ВГ. Генетическая вариабельность SARS-CoV-2 в биологических образцах от пациентов г. Москвы. ЖМЭИ, 2020, 97(6): 511-517, doi: 10.36233/0372-9311-2020-97-6-1.

Zaika MA, Kilian N, Jones K, Krinitsina AA, Nilova MV, Speranskaya AS, Sukhorukov AP. Scorzonera sensu lato (Asteraceae, Cichorieae) – taxonomic reassessment in the light of new molecular phylogenetic and carpological analyses. PhytoKeys. 2020, 137: 1-85, doi: 10.3897/phytokeys.137.46544.

Хафизов КФ, Сперанская АС, Мацвай АД, Шипулин ГА, Дедков ВГ. Передовые технологии в диагностике вирусных заболеваний неясной этиологии. Инфекция и иммунитет. 10(1): 9-25, doi 10.15789/2220-7619-ATI-824

Литвинова ММ, Хафизов КФ, Сперанская АС, Мацвай АД, Никольская КА, Винокурова ЛВ, Дубцова ЕА, Мухина ТФ, Хавкин АИ, Бордин ДС. Спектр мутаций гена CFTR у больных хроническим панкреатитом в России. Вопросы детской диетологии. 2020, 18(3): 5-18, doi: 10.20953/1727-5784-2020-3-5-18.

Kozhemyakin GL, Tyurin VS, Frolova VV, Ponomarev GV, Zamilatskov IA. Synthesis of coprochlorins I and II via reduction of the corresponding coprohemins. Tetrahedron Lett., 2020, 61(46), 152510, doi.org/10.1016/j.tetlet.2020.152510.

Koksharova OA, Butenko IO, Pobeguts OV, Safronova NA, Govorun VM. Proteomic insights into starvation of nitrogen-replete cells of Nostoc sp. PCC 7120 under β-N-methylamino-l-alanine (BMAA) treatment. Toxins 2020, 12(6): 372, doi.org/10.3390/toxins12060372.

Koksharova OA, Butenko IO, Pobeguts OV, Safronova NA, Govorun VM. The first proteomic study of Nostoc sp. PCC 7120 exposed to cyanotoxin BMAA under nitrogen starvation. Toxins 2020, 12(5): 310, doi.org/10.3390/toxins12050310.

Babenko VV, Podgorny OV, Manuvera VA, Kasianov AS, Manolov AI, Grafskaia EN, Shirokov DA, Kurdyumov AS, Vinogradov DV, Nikitina AS, Kovalchuk SI, Anikanov NA, Butenko IO, Pobeguts OV, Matyushkina DS, Rakitina DV, Kostryukova ES, Zgoda VG, Baskova IP, Trukhan VM, Gelfand MS, Govorun VM, Schiöth HB, Lazarev VN. Draft genome sequences of Hirudo medicinalis and salivary transcriptome of three closely related medicinal leeches. BMC Genomics 2020, 21(1), doi.org/10.1186/s12864-020-6748-0.

Pavlova AS, Ozhegov GD, Arapidi GP, Butenko IO, Fomin ES, Alemasov NA, Afonnikov DA, Yarullina DR, Ivanov VT, Govorun VM, Kayumov AR. Identification of antimicrobial peptides from novel Lactobacillus fermentum strain. Protein J. 2020, 39(1): 73–84, doi.org/10.1007/s10930-019-09879-8.