Building structural models of a whole mycoplasma cell

Building Structural Models of a Whole Mycoplasma Cell

Martina Maritan, Ludovic Autin, Jonathan Karr, Markus W. Covert, Arthur J. Olson, David S. Goodsell
Journal of Molecular Biology Volume 434, Issue 2, 30 January 2022, 167351
В статье представлены первые трехмерные структурные модели всей клетки Mycoplasma genitalium (MG), построенные с использованием набора инструментов вычислительного моделирования CellPACK.

Полный текст статьи: читайте здесь >>

Все полученные 3D-модели доступны для изучения на сайте https://mesoscope.scripps.edu

Резюме статьи

Все новые и новые достижения как в экспериментальной, так и в вычислительной биологии привели к экспоненциальному росту нашего понимания структуры клеток и клеточных компонентов. Такое обилие данных и развитие вычислительных мощностей предоставляет множество возможностей для построения моделей клетки. В этой работе представлены первые 3D-модели целой клетки Mycoplasma genitalium, полученные путем объединения экспериментальных и смоделированных структур для всех белков, молекул ДНК и РНК.

Для создания таких моделей были использованы два подхода: управляемый вручную сбор данных и автоматизированный рабочий процесс, – которые дали эквивалентный по качеству данных результат. Однако каждый из подходов имеет свои особенности, связанные с характеристиками выбранных структур. Несмотря на отличия модели от реальной клетки, это большой скачок в развитии вычислительной биологии, позволяющий изучать живые системы in silico.