2024
Arapidi GP, Urban AS, Osetrova MS, Shender VO, Butenko IO, Bukato ON, Kuznetsov AA, Saveleva TM, Nos GA, Ivanova OM, Lopukhov LV, Laikov AV, Sharova NI, Nikonova MF, Mitin AN, Martinov AI, Grigorieva TV, Ilina EN, Ivanov VT, Govorun VM. Non-human peptides revealed in blood reflect the composition of intestinal microbiota. BMC Biology 2024, 22(1), 178, doi: 10.1186/s12915-024-01975-1
Fisunov GYu, Semashko TA, Evsyutina DV, Tsoy EA, Kharrasov DR, Gumayunova KS, Tuchkov IV, Nikiforov KA, Rybal’chenko DA, Kutyrev VV, Govorun VM. Synthesis of the genome of bacteriophage N4. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2024;(1):182-191. doi.org/10.21055/0370-1069-2024-1-182-191.
Semashko TA, Fisunov GY, Tsoy EA, Kharrasov DR, Chudinov IK, Evsyutina DV, Shevelev GY, Govorun VM. Modern approaches to de novo synthesis of extended DNA fragments: Assembly of a wide repertoire of sequences. Acta Naturae. 2024, 16(1):77-85. doi: 10.32607/actanaturae.27362
Shender VO, Anufrieva KS, Shnaider PV, Arapidi G, Pavlyukov M, Ivanova O, Malyants I, Stepanov G, Zhuravlev E, Ziganshin R, Butenko I, Bukato O, Klimina K, Veselovsky V, Grigoryeva T, Malanin S, Aleshikova O, Slonov A, Babaeva N, Ashrafyan L, Khomyakova E, Evtushenko E, Lukina M, Zixiang Wang, Silantiev A, Nushtaeva A, Kharlampieva D, Lazarev V, Lashkin A, Arzumanyan, Petrushanko I, Makarov A, Lebedeva O, Bogomazova A, Lagarkova M, Govorun V. Therapy-induced secretion of spliceosomal components mediates pro-survival crosstalk between ovarian cancer cells. Nat Commun 15, 5237 (2024). doi: 10.1038/s41467-024-49512-6
Speranskaya AS, Dorokhin AV, Korneenko EV, Chudinov IK, Samoilov AE, Kruskop SV. A novel mastadenovirus from N. noctula which represents a distinct evolutionary branch of viruses infecting bats in Europe. Viruses 2024, 16(8), 1207; doi: 10.3390/v16081207
Korneenko EV, Samoilov AE, Chudinov IK, Butenko IO, Sonets IV, Artyushin IV, Yusefovich AP, Kruskop SV, Sinitsyn SO, Klyuchnikova EO, Gladkikh AS, Dedkov VG, Safonova MV, Daszak P, Speranskaya AS. Alphacoronaviruses from bats captured in European Russia in 2015 and 2021 are closely related to those of Northern Europe. Front Ecol Evol. 2024, Vol. 12, doi: 10.3389/fevo.2024.1324605
Shagaleeva OYu, Kashatnikova DA, KardonskyDA, Danilova EYu, Ivanov VA, Evsiev SS, Zubkov EA, AbramovaOV, Zorkina YaA, Morozova AY, Konanov DN, Silantiev AS, Efimov BA, Kolesnikova IV, Bespyatykh YuA, Stimpson J, Zakharzhevskaya NB. GC-MS with headspace extraction for non-invasive diagnostics of IBD dynamics in a model of DSS-induced colitis in rats. Int J Mol Sci. 2024, 25(6): 3295; doi: 10.3390/ijms25063295.
Galeeva JS, Fedorov DE, Starikova EV, Manolov AI, Pavlenko AV, Selezneva OV, Klimina KM, Veselovsky VA, Morozov MD, Yanushevich OO, Krikheli NI, Levchenko OV, Andreev NA, Sokolov FS, Fomenko AK, Devkota MK, Andreev NG, Zaborovskiy AV, Bely PA, Tsaregorodtsev SV, Evdokimov VV, Maev IV, Govorun VM, Ilina EN. Microbial signatures in COVID-19: Distinguishing mild and severe disease via gut microbiota. Biomedicines 2024, 12(5), 996; doi: 10.3390/biomedicines12050996. (This article belongs to the Special Issue Gut Microbiota, Diet, and Immunity: Investigating the Connections and Implications for Disease Development).
Larin AK, Klimina KM, Veselovsky VA, Olekhnovich EI, Morozov MD, Boldyreva DI, Yunes RA, Manolov AI, Fedorov DE, Pavlenko AV, Galeeva YS, Starikova EV, Ilina EN. An improved and extended dual-index multiplexed 16S rRNA sequencing for the Illumina HiSeq and MiSeq platform. BMC Genom Data 2024, 25(1): 8, doi: 10.1186/s12863-024-01192-3.
Ivanova OE, Eremeeva TP, Morozova NS, Mikhailova YuM, Kozlovskaya LI, Baikova OY, Shakaryan AK, Krasota AY, Korotkova EA, Yakovchuk EV, Shustova EY, Lukashev AN. Non-Polio enteroviruses isolated by acute flaccid paralysis surveillance laboratories in the Russian Federation in 1998-2021: Distinct epidemiological features of types. Viruses. 2024, 16(1): 135, doi: 10.3390/v16010135.
Yakovlev, AS, Afanasev VV, Alekseenko SI, Belyaletdinova IK, Isankina LN, Gryaznova IA, Skalny AV, Kozlovskaya LI, Ishmukhametov AA, Karganova GG. Prevalence and clinical impact of viral and bacterial coinfections in hospitalized children and adolescents aged under 18 years with COVID-19 during the omicron wave in Russia. Viruses 2024, 16, 1180, doi: 10.3390/v16081180.
2023
Konanov DN, Babenko VV, Belova AM, Madan AG, Boldyreva DI, Glushenko OE, Butenko IO, Fedorov DE, Manolov AI, Krivonos DV, Lazarev VN, Govorun VM, Ilina EN. Snapper: high-sensitive detection of methylation motifs based on Oxford Nanopore reads. Bioinformatics 2023, 39(11): btad702, doi:10.1093/bioinformatics/btad702
Galeeva JS, Starikov EV, Fedorov DE, Manolov AI, Pavlenko AV, Konanov DN, Krivonos DV, Babenko VV, Klimina KM, Veselovsky VA, Morozov MD, Gafurov IR, Gaifullina RF, Govorun VM, Ilina EN. Microbial communities of the upper respiratory tract in mild and severe COVID-19 patients: a possible link with the disease course. Front Microbiomes 2023, 2 doi: 10.3389/frmbi.2023.1067019
Krivonos DV, Konanov DN, Ilina EN. FunFun: ITS-based functional annotator of fungal communities. Ecol Evol. 2023,13(3):e9874. doi: 10.1002/ece3.9874.
Lyamina S, Baranovskii D, Kozhevnikova E, Ivanova T, Kalish S, Sadekov T, Klabukov I, Maev I, Govorun V. Mesenchymal stromal cells as a driver of inflammaging. Int J Mol Sci 2023, 24, 6372. doi.org/10.3390/ijms24076372
Shakurov R, Sizova S, Dudik S, Serkina A, Bazhutov M, Stanaityte V, Tulyagin P, Konopsky V, Alieva E, Sekatskii S, Bespyatykh J, Basmanov D. Dendrimer-based coatings on a photonic crystal surface for ultra-sensitive small molecule detection. Polymers 2023; 15(12): 2607. doi: 10.3390/polym15122607
Speranskaya AS, Artyushin IV, Samoilov AE, Korneenko EV, Khabudaev K, Ilina EN, Yusefovich AP, Safonova MV, Dolgova AS, Gladkikh AS, Dedkov VG, Daszak P. Identification and genetic characterization of MERS-related coronavirus isolated from Nathusius pipistrelle (Pipistrellus nathusii) near Zvenigorod (Moscow region, Russia), Int J Environmental Res & Public Health 2023. 20(4), 3702. doi: /10.3390/ijerph20043702
Kuznetsova SS, Speranskaya AS, Lisenkova AA, Kruskop SV. The complete mitochondrial genome of Glischropus bucephalus (Vespertilionidae; Chiroptera) provides new evidence for Pipistrellus paraphyly. Diversity 2023, 15, 1085. doi: 10.3390/d15101085
Korolkova Yu, Mikov A, Lobas A, Solovyeva E, Surin A, Andreev Ya, Gorshkov M, Kozlov S. Venom-gland transcriptomics and venom proteomics of the Tibellus oblongus spider. Sci Data 2023, 10(820), doi: 10.1038/s41597-023-02703-0.
Aftahy K, Arrasate P, Bashkirov PV, Kuzmin PI, Maurizot V, Huc I*, Frolov VA* Molecular sensing and manipulation of protein oligomerization in membrane nanotubes with bolaamphiphilic foldamers. J Am Chem Soc 2023, 145, 46, 25150–25159, doi: 10.1021/jacs.3c05753.
Tsavkelova EA, Churikovа OA, Volynchikova EA, Sapun SS,·Leontieva MR, Speranskaya AS, Konorov EA,·Krinitsina AA. Plant‑associated bacteria of Syringa vulgaris L. in an urban environment. Plant Soil 2023, doi: 10.1007/s11104-023-06417-5 Аннотацию статьи см. здесь.
Bondareva M, Budzinski L, Durek P, Witkowski M, Angermair S, Ninnemann J, Kreye J, Letz P, Ferreira-Gomes M, Semin I, Guerra GM, Momsen Reincke S, Sánchez-Sendin E, Yilmaz S, Sempert T, Heinz GA, Tizian C, Raftery M, Schönrich G, Matyushkina D, Smirnov IV, Govorun VM, Schrezenmeier E, Stefanski AL, Dörner T, Zocche S, Viviano E, Klement N, Sehmsdorf KJ, Lunin A, Chang HD, Drutskaya M, Kozlovskaya L, Treskatsch S, Radbruch A, Diefenbach A, Prüss H, Enghard P, Mashreghi MF, Kruglov AA. Cross-regulation of antibody responses against the SARS-CoV-2 Spike protein and commensal microbiota via molecular mimicry. Cell Host Microbe. 2023, 31:1866-1881. doi: 10.1016/j.chom.2023.10.007.
Brezgin S, Parodi A, Kostyusheva A, Ponomareva N, Lukashev A, Sokolova D, Pokrovsky VS, Slatinskaya O, Maksimov G, Zamyatnin AA Jr, Chulanov V, Kostyushev D. Technological aspects of manufacturing and analytical control of biological nanoparticles. Biotechnol Adv. 2023, 64:108122. doi: 10.1016/j.biotechadv.2023.108122.
Kostyushev D, Kostyusheva A, Brezgin S, Ponomareva N, Zakirova NF, Egorshina A, Yanvarev DV, Bayurova E, Sudina A, Goptar I, Nikiforova A, Dunaeva E, Lisitsa T, Abramov I, Frolova A, Lukashev A, Gordeychuk I, Zamyatnin AA Jr, Ivanov A, Chulanov V. Depleting hepatitis B virus relaxed circular DNA is necessary for resolution of infection by CRISPR-Cas9. Mol Ther Nucleic Acids. 2023 31:482-493. doi: 10.1016/j.omtn.2023.02.001.
Vakulenko YA, Orlov AV, Lukashev AN. Patterns and temporal dynamics of natural recombination in Noroviruses. Viruses. 2023 15(2):372. doi: 10.3390/v15020372.
Шокина ВА, Матюшкина ДС, Кривонос ДВ, Манувера ВА, Широков ДА, Харлампиева ДД, Лазарев ВН, Павленко АВ, Ильина ЕН, Румянцев АГ, Румянцев СА, Иванов КП, Хромова ПА, Баклаушев ВП, Корицкий АВ, Куропаткин ВА, Москалева ЕВ, Огарков ОБ, Орлова ЕА, Петрова АГ, Поженько НС, Пушкарь ДЮ, Колонтарев КБ, Колышкина НА, Рычкова ЛВ, Самойлов АС, Синьков ВВ, Соловьева СВ, Троицкий АВ, Удалов ЮД, Юсубалиева ГМ, Говорун ВМ. Гуморальный иммунный ответ на линейные и конформационные эпитопы SARS-CoV-2 у пациентов с COVID-19. Иммунология 2023, 44 (1): 38-52. doi: 10.33029/0206-4952-2023-44-1-38-52
Маев ИВ, Левченко АИ, Галеева ЮС, Андреев ДН, Осипенко ЮВ, Бордин ДС, Ильина ЕН. Сравнительный анализ кишечной микробиоты у больных с экзокринной недостаточностью поджелудочной железы различной степени тяжести. Тер. архив 2023, 95 (2): 130-139. https://omnidoctor.ru/upload/iblock/416/4mddjbtm91wft2js4lfwduh6feoid0jp.pdf
Белялетдинова ИХ, Сайфуллин МА, Гусева ГД, Перекопская НЕ. Мультисистемный воспалительный синдром, ассоциированный с коронавирусной инфекцией COVID-19, у взрослого пациента: клиническое наблюдение. Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение 2023, 12 (1): 123-127. doi.org/10.33029/2305-3496-2023-12-1-123-127
Ковальчук СН, Федорова ЛС, Ильина ЕН. Молекулярные механизмы микробной устойчивости к дезинфицирующим средствам. Антибиотики и химиотерапия 2023, 68 (1-2): 45-56. doi: 10.37489/0235-2990-2023-68-1-2-45-56.
Литвинова ММ, Хафизов КФ, Сперанская АС, Мацвай АД, Асанов АЮ, Никольская КА, Винокурова ЛВ, Дубцова ЕА, Ипатова МГ, Мухина ТФ, Карнаушкина МА, Бордин ДС. Спектр вариантов генов PRSS1, SPINK1, CTRC, CFTR и CPA1 у пациентов с хроническим панкреатитом в России. Современные технологии в медицине. 2023, 15 (2): 60. doi: 10.17691/stm2023.15.2.06
Грицышин ВА, Лисенкова АА, Сперанская АС, Артюшин ИВ, Шефтель БИ, Лебедев ВС, Банникова АА. Мультилокусный анализ филогенетических отношений в видовом комплексе Crocidura suaveolens sensu lato: сравнение с митохондриальными данными. Доклады Российской академии наук. Науки о жизни 2023, 509 (1): 147-154. doi: 10.31857/S2686738922600820.
Герасимов ВН, Харсеева ГГ, Гайтрафимова АР, Быстрова ЕВ, Федорова ЛС. Антимикробные свойства кислородактивных дезинфектантов (обзор литературы). Эпидемиология и инфекционные болезни. 2023; 28(1): 35–43. doi: 10.37489/0235-2990-2023-68-1-2-45-56.
Шакарян АК, Белялетдинова ИХ, Шахгильдян СВ, Иванова ОЕ, Еремеева ТП, Гмыль АП, Байкова ОЮ, Мустафина ОН-И, Козловская ЛИ. Клинико-эпидемиологическая характеристика зарегистрированных в Российской Федерации в 2015–2019 гг. случаев острого вялого миелита у детей. Нервно-мышечные болезни. 2023, 13(3): 10-17, doi: 10.17650/2222‑8721‑2023‑13‑3‑10‑17.
2022
Semashko TA, Arzamasov AA, Evsyutina DV, Garanina IA, Matyushkina DS, Ladygina VG, Pobeguts OV, Fisunov GY, Govorun VM. Role of DNA modifications in Mycoplasma gallisepticum. PLoS One. 2022 Nov 22;17(11):e0277819. doi: 10.1371/journal.pone.0277819 .
Evsyutina DV, Semashko TA, Galyamina MA, Kovalchuk SI, Ziganshin RH, Ladygina VG, Fisunov GY, Pobeguts OV. Molecular basis of the slow growth of Mycoplasma hominis on different energy sources. Front Cell Infect Microbiol. 2022, doi: 10.3389/fcimb.2022.918557
Jovanović O, Chekashkina K, Škulj S, Žuna K, Vazdar M, Bashkirov PV, Pohl EE. Membrane lipid reshaping underlies oxidative stress sensing by the mitochondrial proteins UCP1 and ANT1. Antioxidants 2022, 11 (12), 2314; doi: 10.3390/antiox11122314
Evsyutina DV, Fisunov GY, Pobeguts OV, Kovalchuk SI, Govorun VM. Gene Silencing through CRISPR Interference in Mycoplasmas. Microorganisms 2022, 10(6), 1159; doi: 10.3390/microorganisms10061159
Подробнее читайте здесь
Matyushkina D, Shokina V, Tikhonova P, Manuvera V, Shirokov D, Kharlampieva D, Lazarev V, Varizhuk A, Vedekhina T, Pavlenko A, Penkin L, Arapidi G, Pavlov K, Pushkar D, Kolontarev K, Rumyantsev A, Rumyantsev S, Rychkova L, Govorun V. Autoimmune effect of antibodies against the SARS-CoV-2 nucleoprotein. Viruses 2022, 14, 1141. doi: org/10.3390/v14061141
Подробнее читайте здесь
Svetlova J, Gustin D, Manuvera V, Shirokov D, Shokina V, Prusakov K, Aldarov K, Kharlampieva D, Matyushkina D, Bespyatykh J, Varizhuk A, Lazarev V, Vedekhina T. Microarray profiling of vaccination-induced antibody responses to SARS-CoV-2 variants of interest and concern. Int J Mol Sci. 2022 Oct 30;23(21):13220. doi: 10.3390/ijms232113220.
Morozkin ES, Makenov MT, Zhurenkova OB, Kholodilov IS, Belova OA, Radyuk EV, Fyodorova MV, Grigoreva YE, Litov AG, Valdokhina AV, Bulanenko VP, Samoilov AE, Korneenko EV, Voizekhovskaya YA, Neverov AD, Karganova GG, Karan LS. Integrated jingmenvirus polymerase gene in Ixodes ricinus genome. 2022. Viruses 14(9): 1908
Ivanova, K.A., Bashkirov, P.V. Noise in ultrashort elastic membrane nanotube. Biochem. Moscow Suppl. Ser. A 2022, 16, 320–327. https://doi.org/10.1134/S1990747822050063
Корнеенко EВ, Самойлов АE, Артюшин ИВ, Юзефович АП, Долотова СМ, Ключникова ЕО, Сбарцалья ВА, Гладких АС, Дедков ВГ, Сперанская АС. «Альфакоронавирусы, выявленные в образцах фекалий летучих мышах, пойманных на территории Москвы и Ростова-на-Дону в 2021 году», Медицинский академический журнал том 22, № 2, 2022. doi: 10.17816/MAJ108718
Акимкин ВГ, Попова АЮ, Хафизов КФ, Дубоделов ДВ, Углева СВ, Семененко ТА, Плоскирева АА, Горелов АВ, Пшеничная НЮ, Ежлова ЕБ, Летюшев АН, Демина ЮВ, Кутырев ВВ, Максютов РА, Говорун ВМ, Дятлов ИА, Тотолян АА, Куличенко АН, Балахонов СВ, Рудаков НВ, Троценко ОЕ, Носков АК, Зайцева НН, Топорков АВ, Лиознов ДА, Андреева ЕЕ, Микаилова ОМ, Комаров АГ, Ананьев ВЮ, Молдованов ВВ, Логунов ДЮ, Гущин ВА, Дедков ВГ, Черкашина АС, Кузин СН, Тиванова ЕВ, Кондрашева ЛН, Саенко ВВ, Селезов СЮ, Гасанов ГА, Сванадзе НХ, Глазов МБ, Остроушко АА, Миронов КО, Есьман АС, Осина НА, Боднев СА, Комиссаров АБ, Даниленко ДМ, Богун АГ, Скрябин ЮП, Лопатовская КВ, Штрек СВ, Волынкина АС, Гладких АС, Котова ВО, Водопьянов АС, Новикова НА, Сперанская АС, Самойлов АЕ, Неверов АД, Шпак ИМ. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(4):381–396. doi: 10.36233/0372-9311-295
Бакланова ОВ, Федорова ЛС, Лопатина ОА, Бидевкина МВ, Гущина ЕА, Суетина ИА, Лисицын ФВ, Ковалевский СА, Далидчик ФИ, Мезенцева МВ. Токсикологическая характеристика и бактерицидные свойства гетерополикислот Кеггина. Гигиена и санитария. 2022; № 1: 87-94. doi: 10.47470/0016-9900-2022-101-1-87-94
