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瓦季姆·马尔科维奇·科瓦鲁 (Vadim M. Govorun)

瓦季姆·马尔科维奇·科瓦鲁 (Vadim M. Govorun)
瓦季姆·马尔科维奇·科瓦鲁

职位

俄罗斯联邦消费者权益及公民平安保护监督局系统生物学和医学科学研究所 所长, 简单系统实验室主任

学术学位, 学位名称

生物科学博士, 教授, 俄罗斯科学院院士

额外责任

  • 俄罗斯联邦总统科学与教育委员会成员,该委员会主席团成员
  • 莫斯科物理技术学院(国立研究型大学)分子与转化医学系主任

教育与工作经验

  • 1987年毕业于莫斯科皮罗戈夫第二医学院(医学生物学系,生物化学部)。
  • 1991年通过了生物化学专业副博士论文答辩。
  • 2000年通过了03.00.04生物化学和03.00.03分子生物学博士论文答辩。
  • 2003年被授予“生物化学”专业教授职称
  • 2011年当选俄罗斯医学科学院通讯院士。
  • 2016年当选俄罗斯科学院医学部院士(理化医学)。

学术兴趣领域

  • 分子诊断
  • 基因组学
  • 蛋白质组学
  • 系统生物学
  • 合成生物学

教育与工作经验

瓦季姆·科瓦鲁1964年10月27日出生于伊尔库茨克州布拉茨克市。1987年自莫斯科皮罗戈夫第二医学院(医学生物学系生物化学部)毕业后在苏联卫生部理化医学研究所工作。1991年通过了生物化学专业副博士论文答辩。2000年通过了生物化学和分子生物学专业博士论文答辩。2003年科瓦鲁被授予教授职称。2011年当选俄罗斯医学科学院通讯院士。2014年当选俄罗斯医学科学院院士。2016年当选俄罗斯科学院院士(医学部医学生物学分部)。1991年至1994年科瓦鲁在德国柏林马克斯-德尔布吕克分子医学中心实习。1996年任法国雷恩大学微生物学教研室客座教授。

1999年至2014年科瓦鲁任俄罗斯国立皮罗戈夫医科大学医学与生物系生物化学教研室教授。 2001年至2007年在俄罗斯奥列霍维奇生物医学化学研究所蛋白质组学部担任主任研究员。2006年至2018年担任俄罗斯科学院谢米亚金和奥夫钦尼科夫生物有机化学研究所蛋白质组学实验室领导。

1987年进入苏联卫生部理化医学研究所(现俄罗斯生物医学署联邦物理化学医学研究和临床中心)担任研究员,并于2021年在该中心担任多个职位。2015年至2021年担任俄罗斯理化医学研究所所长,该所是在俄罗斯生物医学署物理化学医学研究所和第123临床医院基础上建立的。该中心在他的领导下已发展成为一个配备了现代化的诊疗设备的多学科临床科研中心,并拥有一支高素质的专家队伍——研究员、医生、初中级医务人员。在他的领导下,该中心积极贯彻个性化医疗原则,包括医学和生物学成就的各个方面——从基因组技术、细胞治疗、组织工程到新的医疗药品和医疗器械的制造。中心的科学信息库和仪器库使医疗方案开发成为可能,其目的是在特定疾病尚未出现明显症状时早期诊断身体状态变化,并阻止疾病发展。

在科瓦鲁的领导下,中心在“2020年前及未来俄罗斯联邦制药和医疗行业发展”目标计划框架内于2020年完成机构重组,同年4月技术与微加工中心投产,该中心是唯一的生物物理和医学微加工中心。该场所既可以进行科学与应用研究,也可以基于微流体和纳米技术,开发和制作医疗设备和诊断系统原型及试验批次。该场所集中了全套技术流程和链条,这种流程和链条通常只有在从事微电子任务的大公司中才能遇到。

SARS-CoV-2 冠状病毒大流行和研究项目

2020-2021年COVID-19新型冠状病毒感染大流行期间,在科瓦鲁的领导下,开发投产了SARS-CoV-2诊断测试系统:新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测试剂盒,基于逆转录聚合酶法链式反应法;新型冠状病毒(SARS-CoV-2)免疫球蛋白G(IgG)抗体检测试剂盒;新型冠状病毒(SARS-CoV-2)IsoAmp逆转录等温扩增检测试剂盒。采用环介导等温扩增法,方便床边检测进行快速诊断(含确定SARS-CoV-2病原体)而开发的IZASKRIN-8 分析仪。在科瓦鲁的倡议下,2020年6月成立了COVID-19研究学术团体协会,对COVID-19的发病机制进行深入的医学和生物学研究。

2021年,科瓦鲁院士在俄罗斯联邦消费者权益和公益监督局系统工作,先是担任发展研究所副所长和消毒研究所临时代理所长,2022年6月起担任系统生物学医学科学研究所所长。

学术兴趣和成就

科瓦鲁院士在国内国际顶级期刊上发表了350多篇学术论文,赫希指数(H指数) 37(Scopus),引用次数约 5800 。他对理化医学、生物化学和分子生物学的发展,以及理论和应用医学中学术成就的利用做出了重大贡献。20世纪90年代初,依托理化医学研究所细胞培养生物化学实验室,科瓦鲁创建并领导了分子生物学和遗传学部,该部目前正在实施用于同步高密度基因组绘图和微生物目标转录、蛋白质组和代谢活性测定项目。科瓦鲁对系统研究细菌细胞对外部影响的组织、调节和适应原理的兴趣,为支原体作为“最小细胞”模型在这个方向上的工作奠定了基础。2012年,在科瓦鲁的领导下,在俄罗斯首次进行了完整的柔膜菌纲细菌代谢物谱鉴定。

瓦季姆·科瓦鲁的学术兴趣范围并不仅仅局限于基础性研究。目前,在他的领导下,基因组减少的细菌——鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum)的系统生物学研究仍在继续。正在实施的一个项目是研究俄罗斯联邦各地区居民在正常和病理条件下所特有的胃肠道微生物群成分。正在进行微生物对克罗恩病、慢性阻塞性肺病(COPD)等多种病理状况发展的可能贡献评估研究及神经退行性疾病(例如吉兰-巴利综合征)的发病机制研究。1996年至2002年期间,科瓦鲁积极推动聚合酶链式反应方法引入医疗保健实践,组织了4次全俄基因诊断会议和53次地区性会议和大会,成功地将聚合酶链式反应法应用于实践。2015年,在俄联邦医疗生物署理化医学科学与临床中心的基础上启动了一个试点项目,创建俄罗斯首个来自健康捐献者的冷冻生物材料库,用于治疗严重胃肠道疾病疾病以及其他与正常肠道微生物群抑制或消耗相关的疾病。

科瓦鲁创建了新的理化医学分部,涉及正常和病理条件下组学技术在生物学和医学中的应用。在他的倡议、直接参与和领导下,俄罗斯第一个蛋白质组学中心成立,在世界水平上对细菌和高等生物(人和植物)高科技蛋白质组学进行研究的谢米亚金和奥夫钦尼科夫生物有机化学研究所蛋白质组学实验室,以及医用纳米技术实验室、莫斯科技术物理学院基因组中心、喀山联邦大学组学技术中心(喀山)。

教学工作

教学工作在瓦季姆·科瓦鲁的活动中占有重要地位。2006年起至今科瓦鲁担任莫斯科物理技术大学分子与转化医学教研室主任。他为学生讲授“蛋白质组学和代谢组学”课,投入大量精力指导大学生和博士生完成论文。科瓦鲁参与指导的6篇博士论文、15篇副博士论文以及25篇毕业论文通过答辩。

科瓦鲁院士是系统生物学医学研究所学术委员会主席,俄罗斯科学基金会“基础医学研究”部专家委员会成员,以及《药物化学问题》、《生物医学化学》等杂志编委、《极端情况医学》编委会成员。2010年至2016年积极参成立国立喀山大学公用生物医学中心。 2016年起,科瓦鲁院士是鞑靼斯坦共和国总统教育和科学委员会成员。

从2022年6月起瓦季姆·科瓦鲁担任俄罗斯联邦科学和教育总统委员会委员,从2023年4月起担任委员会主席团成员。

奖项

科瓦鲁院士先后被授予二级祖国功绩勋章 (2019),皮罗戈夫勋章 (2020),联邦医学和生物署“金十字”勋章,“纪念莫斯科850周年”奖章、部门致谢和证书,表彰他对医疗保健和医学科学发展做出的巨大贡献。

主要发表作品

·       Kazakova AN, Anufrieva KS, Ivanova OM, Shnaider PV, Malyants IK, Aleshikova OI, Slonov AV, Ashrafyan LA, Babaeva NA, Eremeev AV, Boichenko VS, Lukina MM, Lagarkova MA, Govorun VM, Shender VO, Arapidi GP. Deeper insights into transcriptional features of cancer-associated fibroblasts: An integrated meta- analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data. Front Cell Dev Biol. 2022 Oct 3;10:825014.  doi: 10.3389/fcell.2022.825014. PMID: 36263012; PMCID: PMC9574913.

·       Evsyutina DV, Fisunov GY, Pobeguts OV, Kovalchuk SI, Govorun VM. Gene Silencing through CRISPR Interference in Mycoplasmas. Microorganisms. 2022 Jun 5;10(6):1159. doi: 10.3390/microorganisms10061159. PMID: 35744677; PMCID: PMC9229473.

·       Konanov DN, Zakharzhevskaya NB, Kardonsky DA, Zhgun ES, Kislun YV, Silantyev AS, Shagaleeva OY, Krivonos DV, Troshenkova AN, Govorun VM, Ilina EN. UniqPy: A tool for estimation of short-chain fatty acids composition by gas-chromatography/mass-spectrometry with headspace extraction. J Pharm Biomed Anal. 2022 Apr 1;212:114681. doi: 10.1016/j.jpba.2022.114681. Epub 2022 Feb 19. PMID:35202943.

·        Matyushkina D, Shokina V, Tikhonova P, Manuvera V, Shirokov D, Kharlampieva D, Lazarev V,  Varizhuk A, Vedekhina T, Pavlenko A, Penkin L, Arapidi G, Pavlov K, Pushkar D, Kolontarev K, Rumyantsev A, Rumyantsev S, Rychkova L, Govorun V. Autoimmune Effect of Antibodies against the SARS-CoV-2 Nucleoprotein. Viruses 2022, 14, 1141. doi: org/10.3390/v14061141.

·        Shliapina V, Koriagina M, Vasilkova D, Govorun V, Dontsova O, Rubtsova M. Human Telomerase RNA Protein Encoded by Telomerase RNA is Involved in Metabolic Responses. Front Cell Dev Biol. 2021 Dec 7;9:754611. doi: 10.3389/fcell.2021.754611.

·        Fisunov GY, Zubov AI, Pobeguts OV, Varizhuk AM, Galyamina MA, Evsyutina DV, Semashko TA, Manuvera VA, Kovalchuk SI, Ziganshin RK, Barinov NA, Klinov DV, Govorun VM. The Dynamics of Mycoplasma gallisepticum Nucleoid Structure at the Exponential and Stationary Growth Phases. Front Microbiol. 2021 Nov 18;12:753760. doi: 10.3389/fmicb.2021.753760.

·        Koksharova OA, Butenko IO, Pobeguts OV, Safronova NA, Govorun VM. β-N- Methylamino-L-Alanine (BMAA) Causes Severe Stress in Nostoc sp. PCC 7120 Cells under Diazotrophic Conditions: A Proteomic Study. Toxins (Basel). 2021 Apr 30;13(5):325. doi: 10.3390/toxins13050325.

·        Shnaider PV, Ivanova OM, Malyants IK, Anufrieva KS, Semenov IA, Pavlyukov MS, Lagarkova MA, Govorun VM, Shender VO. New Insights into Therapy-Induced Progression of Cancer. Int J Mol Sci. 2020 Oct 23;21(21):7872. doi: 10.3390/ijms21217872.

·        Koksharova OA, Butenko IO, Pobeguts OV, Safronova NA, Govorun VM. Proteomic Insights into Starvation of Nitrogen-Replete Cells of Nostoc sp. PCC 7120 under β-N-Methylamino-L-Alanine (BMAA) Treatment. Toxins (Basel). 2020 Jun 4;12(6):372. doi: 10.3390/toxins12060372.

·        Lakunchykova O, Averina M, Wilsgaard T, Watkins H, Malyutina S, Ragino Y, Keogh RH, Kudryavtsev AV, Govorun V, Cook S, Schirmer H, Eggen AE, Hopstock LA, Leon DA. Why does Russia have such high cardiovascular mortality rates? Comparisons of blood-based biomarkers with Norway implicate non-ischaemic cardiac damage. J Epidemiol Community Health. 2020 Sep;74(9):698-704. doi: 10.1136/jech-2020-213885.

·        Koksharova OA, Butenko IO, Pobeguts OV, Safronova NA, Govorun VM. The First Proteomics Study of Nostoc sp. PCC 7120 Exposed to Cyanotoxin BMAA under Nitrogen Starvation. Toxins (Basel). 2020 May 9;12(5):310. doi: 10.3390/toxins12050310.

·        Starikova EV, Tikhonova PO, Prianichnikov NA, Rands CM, Zdobnov EM, Ilina EN, Govorun VM. Phigaro: high-throughput prophage sequence annotation. Bioinformatics. 2020 Jun 1;36(12):3882-3884. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa250.

·        Pavlova AS, Ozhegov GD, Arapidi GP, Butenko IO, Fomin ES, Alemasov NA, Afonnikov DA, Yarullina DR, Ivanov VT, Govorun VM, Kayumov AR. Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain. Protein J. 2020 Feb;39(1):73-84. doi: 10.1007/s10930-019-09879-8.

·        Bespyatykh J, Shitikov E, Guliaev A, Smolyakov A, Klimina K, Veselovsky V, Malakhova M, Arapidi G, Dogonadze M, Manicheva O, Bespiatykh D, Mokrousov I, Zhuravlev V, Ilina E, Govorun V. System OMICs analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster. Sci Rep. 2019 Dec 17;9(1):19255. doi: 10.1038/s41598-019-55896-z. Erratum in: Sci Rep. 2020 Mar 6;10(1):4511.

·        Archakov AI, Aseev AL, Bykov VA, Grigoriev AI, Govorun VM, Ilgisonis EV, Ivanov YD, Ivanov VT, Kiseleva OI, Kopylov AT, Lisitsa AV, Mazurenko SN, Makarov AA, Naryzhny SN, Pleshakova TO, Ponomarenko EA, Poverennaya EV, Pyatnitskii MA, Sagdeev RZ, Skryabin KG, Zgoda VG. Challenges of the Human Proteome Project: 10-Year Experience of the Russian Consortium. J Proteome Res. 2019 Dec 6;18(12):4206-4214. doi: 10.1021/acs.jproteome.9b00358.

·        Olekhnovich EI, Manolov AI, Samoilov AE, Prianichnikov NA, Malakhova MV, Tyakht AV, Pavlenko AV, Babenko VV, Larin AK, Kovarsky BA, Starikova EV, Glushchenko OE, Safina DD, Markelova MI, Boulygina EA, Khusnutdinova DR, Malanin SY, Abdulkhakov SR, Abdulkhakov RA, Grigoryeva TV, Kostryukova ES, Govorun VM, Ilina EN. Shifts in the Human Gut Microbiota Structure Caused by Quadruple Helicobacter pylori Eradication Therapy. Front Microbiol. 2019 Aug 27;10:1902. doi: 10.3389/fmicb.2019.01902.

·        Fesenko I, Kirov I, Kniazev A, Khazigaleeva R, Lazarev V, Kharlampieva D, Grafskaia E, Zgoda V, Butenko I, Arapidi G, Mamaeva A, Ivanov V, Govorun V. Distinct types of short open reading frames are translated in plant cells. Genome Res. 2019 Sep;29(9):1464-1477. doi: 10.1101/gr.253302.119.

·        Fesenko I, Azarkina R, Kirov I, Kniazev A, Filippova A, Grafskaia E, Lazarev V, Zgoda V, Butenko I, Bukato O, Lyapina I, Nazarenko D, Elansky S, Mamaeva A, Ivanov V, Govorun V. Phytohormone treatment induces generation of cryptic peptides with antimicrobial activity in the Moss Physcomitrella patens. BMC Plant Biol. 2019 Jan 7;19(1):9. doi: 10.1186/s12870-018-1611-z.

·        Garanina IA, Fisunov GY, Govorun VM. BAC-BROWSER: The Tool for Visualization and Analysis of Prokaryotic Genomes. Front Microbiol. 2018 Nov 21;9:2827. doi: 10.3389/fmicb.2018.02827.

·        Popova AA, Semashko TA, Kostina NV, Rasmussen U, Govorun VM, Koksharova OA. The Cyanotoxin BMAA Induces Heterocyst Specific Gene Expression in Anabaena sp. PCC 7120 under Repressive Conditions. Toxins (Basel). 2018 Nov 16;10(11):478. doi: 10.3390/toxins10110478.

·        Rubtsova M, Naraykina Y, Vasilkova D, Meerson M, Zvereva M, Prassolov V, Lazarev V, Manuvera V, Kovalchuk S, Anikanov N, Butenko I, Pobeguts O, Govorun V, Dontsova O. Protein encoded in human telomerase RNA is involved in cell protective pathways. Nucleic Acids Res. 2018 Sep 28;46(17):8966-8977. doi: 10.1093/nar/gky705.

·        Rands CM, Starikova EV, Brüssow H, Kriventseva EV, Govorun VM, Zdobnov EM. ACI-1 beta-lactamase is widespread across human gut microbiomes in Negativicutes due to transposons harboured by tailed prophages. Environ Microbiol. 2018 Jun;20(6):2288-2300. doi: 10.1111/1462-2920.14276.

·        Bespyatykh J, Smolyakov A, Guliaev A, Shitikov E, Arapidi G, Butenko I, Dogonadze M, Manicheva O, Ilina E, Zgoda V, Govorun V. Proteogenomic analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster strains. J Proteomics. 2019 Feb 10;192:18-26. doi: 10.1016/j.jprot.2018.07.002.

·        Anufrieva KS, Shender VО, Arapidi GP, Pavlyukov MS, Shakhparonov MI, Shnaider PV, Butenko IO, Lagarkova MA, Govorun VM. Therapy-induced stress response is associated with downregulation of pre-mRNA splicing in cancer cells. Genome Med. 2018 Jun 27;10(1):49. doi: 10.1186/s13073-018-0557-y.

·       PavlyukovMS, Hai Yu, Bastola S, Minata M, Shender VO, Lee Y, Zhang S, Wang J, Komarova S, Wang J, Yamaguchi S, Alsheikh HA, Shi J, Chen D, Mohyeldin A, Sung-Hak Kim, Yong Jae Shin, Anufrieva K, Evtushenko E, Antipova NV, Arapidi GP, Govorun VM, Pestov NB, Shakhparonov MI, L. James Lee, Do-Hyun Nam, NakanoI. Apoptotic Cell-Derived Extracellular Vesicles Promote Malignancy of Glioblastoma Via Intercellular Transfer of Splicing Factors. Cancer Cell. 2018 Jul 9; 34(1): 119—135. e10, DOI: /doi.org/10.1016/j.ccell.2018.05.012

·       Anufrieva KS, Shender VО, Arapidi GP, Pavlyukov MS, Shakhparonov MI, Shnaider PV, Butenko IO, Lagarkova MA, Govorun VM. Therapy-induced stress response is associated with downregulation of pre-mRNA splicing in cancer cells. Genome Med. 2018 Jun 27;10(1):49. doi: 10.1186/s13073-018-0557-y.

·       Fisunov GY, Evsyutina DV, Garanina IA, Arzamasov AA, Butenko IO, Altukhov IA, Nikitina AS, Govorun VM. Ribosome profiling reveals an adaptation strategy of reduced bacterium to acute stress Biochimie. 2017 Jan; 132:66-74. doi: 10.1016/j.biochi.2016.10.015

·       Fisunov GY, Evsyutina DV, Semashko TA, Arzamasov AA, Manuvera VA, Letarov AV, Govorun VM. Binding site of MraZ transcription factor in Mollicutes. Biochimie.2016 Jun;125:59-65. doi: 10.1016/j.biochi.2016.02.016.

·       Mazin PV, Fisunov GY, Gorbachev AY, Kapitskaya KY, Altukhov IA, Semashko TA, Alexeev DG, Govorun VM. Transcriptome analysis reveals novel regulatory mechanisms in a genome-reduced bacterium. Nucleic Acids Res. 2014 Dec 1;42(21):13254-68. doi: 10.1093/nar/gku976.

·       Gusev O, Suetsugu Y, Cornette R, Kawashima T, Logacheva MD, Kondrashov AS, Penin AA, Hatanaka R, Kikuta S, Shimura S, Kanamori H, Katayose Y, Matsumoto T, Shagimardanova E, Alexeev D, Govorun V, Wisecaver J, Mikheyev A, Koyanagi R, Fujie M, Nishiyama T, Shigenobu S, Shibata TF, Golygina V, Hasebe M, Okuda T, Satoh N, Kikawada T. Comparative genome sequencing reveals genomic signature of extreme desiccation tolerance in the anhydrobiotic midge. Nat Commun. 2014 Sep 12;5:4784. doi: 10.1038/ncomms5784.

·       Tyakht AV, Kostryukova ES, Popenko AS, Belenikin MS, Pavlenko AV, Larin AK, Karpova IY, Selezneva OV, Semashko TA, Ospanova EA, Babenko VV, Maev IV, Cheremushkin SV, Kucheryavyy YA, Shcherbakov PL, Grinevich VB, Efimov OI, Sas EI, Abdulkhakov RA, Abdulkhakov SR, Lyalyukova EA, Livzan MA, Vlassov VV, Sagdeev RZ, Tsukanov VV, Osipenko MF, Kozlova IV, Tkachev AV, Sergienko VI, Alexeev DG, Govorun VM. Human gut microbiota community structures in urban and rural populations in Russia. Nat Commun. 2013;4:2469. doi: 10.1038/ncomms3469.

·       Fesenko I, Seredina A, Arapidi G, Ptushenko V, Urban A, Butenko I, Kovalchuk S, Babalyan K, Knyazev A, Khazigaleeva R, Pushkova E, Anikanov N, Ivanov V, Govorun VM. The Physcomitrella patens chloroplast proteome changes in response to protoplastation. Front Plant Sci. 2016 Nov 4;7:1661.

·       Fesenko IA, Arapidi GP, Skripnikov AY, Alexeev DG, Kostryukova ES, Manolov AI, Altukhov IA, Khazigaleeva RA, Seredina AV, Kovalchuk SI, Ziganshin RH, Zgoda VG, Novikova SE, Semashko TA, Slizhikova DK, Ptushenko VV, Gorbachev AY, Govorun VM, Ivanov VT. Specific pools of endogenous peptides are present in gametophore, protonema, and protoplast cells of the moss Physcomitrella patens. BMC Plant Biology 2015 15:87 doi: 10.1186/s12870-015-0468-7.

·       Ziganshin RH, Ivanova OM, Lomakin YA, Belogurov AA Jr, Kovalchuk SI, Azarkin IV, Arapidi GP, Anikanov NA, Shender VO, Piradov MA, Suponeva NA, Vorobyeva AA, Gabibov AG, Ivanov VT, Govorun VM. The pathogenesis of the demyelinating form of Guil-lain-Barre Syndrome (GBS): Proteo-peptidomic and immunological profiling of physiological fluids. Mol Cell Proteomics. 2016 Jul;15(7):2366-78. doi: 10.1074/mcp.M115.056036.

 


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