人类群落生境抗性组的变异性，同时阐明抗生素耐药性传播规律并后续研制其检测和克服方法。 微生物对药物和消毒剂的抗药性（耐药性）降低了人类传染病和炎症性疾病的预防和治疗效果，从而造成全球性医疗问题据CDC（美国疾病控制与预防中心） 评估，由耐药微生物引起的医院感染每年约有 200 万例，导致或伴随 10 万人死亡。遗憾的是，不能通过使用消毒剂从外部环境中消除这些菌株。世界各国对这种现象的研究还很少，在新冠大流行背景下抗生素和消毒剂的使用不受控制期间，此类菌株的数量预计将会增加。 基于细菌病原体纯培养物的分离，通过细菌学和基因检测进行监测，只能看到微生物群落耐药性真实传播的冰山一角。 现代宏基因组高通量测序技术能发现所研究群落生境（抗性组）中的全部耐药基因，从而为追踪来自不同的栖息地的共生菌和病原菌抗药性的产生和传播路径提供了可能。人体微生物组概念的发展使得人们在理解临床医学中的许多问题方面取得了进展——从治疗（包括化疗）有效性到细菌菌群对细菌素的抗药性。利用基因组学和宏基因组学在这一领域内进行的研究计划，将有可能发现医院院内病原体细菌素中的未知耐药性标记，并制定测试不同病理患者微生物组的策略，包括通过建立国产快速测试的办法。床边测试（便携式）将优化药物治疗手段的选择，这对维护患者健康通常至关重要。 研究的主要目标是破译能促进或阻碍微生物对药物和消毒剂耐药性形成和传播的系统模式，并随后开发监测检测工具。
