具有多重耐药性的病原菌的出现，降低了医疗场所防治感染炎症性疾病的效果。值得注意的是，细菌菌群产生抗生素耐药性不仅是由于染色体DNA的突变过程，而且也是由于借助移动元件（质粒、转座子、噬菌体）同类细菌和其他类细菌基因的水平转移。为了研制新的创新方法来监测抗生素耐药性的出现和传播，采用了零假设作为抗生素耐药性基因天然储库的肠道微生物群，它们在共生细菌菌群中积累，可以传染给潜在的传染病病原体，并在抗生素治疗的作用下居住在后者种群中。尽管有明显的逻辑，但仍必须获得这一假设的直接和无可争议的证据，并揭示抗生素耐药性基因的传播机制和传染媒介，以便控制并及时中断这些过程。
在实验室基础上完成国家任务的目的是基于对主要人类生物群落抗性组变异性的宏基因组分析，阐明促进/防止抗生素耐药性的传播模式，随后开发快速检测抗生素耐药性的方法以便及时切断流行病传播链。
该项目包括分析俄罗斯新型冠状病毒（ SARS-CoV-2） 流行病的形成模式并开发基于代理的流行病学模型两个密不可分的部分。 同时，分析俄罗斯 SARS-CoV-2 流行模式意味着对传统监测过程中收集的统计数据和病毒基因组测序数据进行综合分析。
为了深入了解发病机制，监测所采取措施和决策的有效性，重建俄罗斯联邦境内冠状病毒（COVID-19) 大流行符合将流行病学转变为一门精确学科的要求，就像由于测量仪器的个性化和改进，医学正在变成一门精确科学一样。
SARS-CoV-2 核苷酸序列生物信息学分析的总目标是获得有关病毒在俄罗斯的循环模式的额外数据，并基于病毒基因组序列分析评估卫生和流行病学监测部门制定具体建议的可能性。在重建SARS-CoV-2 大流行的框架内，利用 2021-2023 年期间现有的分子遗传数据解决与创建各种方法相关的任务，这些方法用于评估所分析 SARS-CoV-2 序列的质量，根据最近邻原则修正算法，基于“最大简约法”寻找潜在的病毒输入俄罗斯的来源。
并行开发合成种群中呼吸道感染传播的传染源模型。 该模型是在已知给定区域（居住区）居民的性别、年龄和社会构成的前提下，针对在该区生活的“传染源”的“迁入”分区块开发的。 这种“迁入”的按比例成倍放大将导致城市、地区、区域等的形成。按性别、年龄、社会地位对构成合成种群的“传染源” 进行登记，预先确定其对“病原体”的非特异性易感性/耐受性（由性状分布函数设定），并根据给定的行为模式和居住地建立广域联系网。 “传染源”在“病原体”感染时会改变其特性。 “病原体”是具有毒性和致病性的病毒/细菌。 确定“传染源”感染率、患病率以及死亡率。 它可以随着时间的推移改变其特性；提供病原体异质群体的变体。 实施系统分区块划分法，这些区块可以单独实现，然后分别进行优化。
该项目的宗旨是研究呼吸道生物群落的组成与大流行SARS-CoV-2 冠状病毒感染后果之间的关系。在人群中流行的季节性变化冠状病毒，通常会引起不危及生命的肠道和呼吸道疾病。然而，在过去的 20 年里，三种冠状病毒：SARS-CoV、MERS-CoV 和 SARS-CoV-2，已成为对全人类健康的严重威胁。此外，如果说 SARS 和 MERS 的爆发是局部性的，那么 SARS-CoV-2 疫情则席卷了世界所有国家。
相同的病原体可能具有不同的传染性（感染率）并产生不同的感染过程。 病毒和细菌传染源全年在人群中传播，但其中许多传染源的流行率呈季节性上升。 在包括俄罗斯联邦在内的许多地理区域都观察到季节性效应。对于多种病毒而言，已经描述了干扰现象，其中一种病毒的感染导致其他一些病毒的感染概率发生变化。 呼吸道的细菌群落也会影响病毒感染的发生概率。
目前，人们对 SARS-CoV-2 感染背景下呼吸道生物群落的变异模式知之甚少。尚不清楚SARS-CoV-2 不同遗传变异如何与细菌和病毒菌群代表相关，以及病毒清除后呼吸道群落如何重组 。尚未积累关于各种感染源（病毒和细菌）引起的感染与SARS-CoV-2 病毒感染概率之间关系的信息。呼吸道生物群落的组成与二次感染发生概率之间的关系也缺乏研究。鉴于新一波疫情的到来不可避免，从丰富世界科学知识的角度来看，获得这些问题的答案非常有价值且具有现实意义。
Galeeva JS, Fedorov DE, Starikova EV, Manolov AI, Pavlenko AV, Selezneva OV, Klimina KM, Veselovsky VA, Morozov MD, Yanushevich OO, Krikheli NI, Levchenko OV, Andreev NA, Sokolov FS, Fomenko AK, Devkota MK, Andreev NG, Zaborovskiy AV, Bely PA, Tsaregorodtsev SV, Evdokimov VV, Maev IV, Govorun VM, Ilina EN. Microbial signatures in COVID-19: Distinguishing mild and severe disease via gut microbiota. Biomedicines 2024, 12(5), 996; doi: 10.3390/biomedicines12050996. (This article belongs to the Special Issue Gut Microbiota, Diet, and Immunity: Investigating the Connections and Implications for Disease Development).
Larin AK, Klimina KM, Veselovsky VA, Olekhnovich EI, Morozov MD, Boldyreva DI, Yunes RA, Manolov AI, Fedorov DE, Pavlenko AV, Galeeva YS, Starikova EV, Ilina EN. An improved and extended dual-index multiplexed 16S rRNA sequencing for the Illumina HiSeq and MiSeq platform. BMC Genom Data 2024, 25(1): 8, doi: 10.1186/s12863-024-01192-3.
Abuladze M, Asatiani N, Kartvelishvili T, Krivonos D, Popova N, Safonov A, Sapojnikova N, Yushin N, Zinicovscaia I. Adaptive mechanisms of Shewanella xiamenensis DCB 2-1 metallophilicity. Toxics 2023, 11, 304. doi: 10.3390/toxics11040304.
Galeeva JS, Starikov EV, Fedorov DE, Manolov AI, Pavlenko AV, Konanov DN, Krivonos DV, Babenko VV, Klimina KM, Veselovsky VA, Morozov MD, Gafurov IR, Gaifullina RF, Govorun VM, Ilina EN. Microbial communities of the upper respiratory tract in mild and severe COVID-19 patients: a possible link with the disease course. Front Microbiomes 2023, Vol. 2 doi: 10.3389/frmbi.2023.1067019
Gladkikh A, Klyuchnikova E, Pavlova P, Sbarzaglia V, Tsyganova N, Popova M, Arbuzova T, Sharova A, Ramsay E, Samoilov A, Dedkov V, Totolian A. Comparative analysis of library preparation approaches for SARS-CoV-2 genome sequencing on the Illumina MiSeq platform. Int J Mol Sci. 2023, 24(3), 2374. doi: 10.3390/ijms24032374
Krivonos DV, Konanov DN, Ilina EN. FunFun: ITS-based functional annotator of fungal communities. Ecol Evol. 2023,13(3):e9874. doi: 10.1002/ece3.9874.
Shagaleeva OY, Kashatnikova DA, Kardonsky DA, Konanov DN, Efimov BA, Bagrov DV, Evtushenko EG, Chaplin AV, Silantiev AS, Filatova YuV, Kolesnikova IV, Vanyushkina AN, Stimpson J, Zakharzhevskaya NB. Investigating volatile compounds in the Bacteroides secretome. Front Microbiol. 2023, 14, 1164877 doi: 10.3389/fmicb.2023.1164877.
Speranskaya AS, Artyushin IV, Samoilov AE, Korneenko EV, Khabudaev K, Ilina EN, Yusefovich AP, Safonova MV, Dolgova AS, Gladkikh AS, Dedkov VG, Daszak P. Identification and genetic characterization of MERS-related coronavirus isolated from Nathusius pipistrelle (Pipistrellus nathusii) near Zvenigorod (Moscow region, Russia). Int J Environ Res Public Health 2023. 20(4), 3702. doi: 10.3390/ijerph20043702.
Ковальчук СН, Федорова ЛС, Ильина ЕН. Молекулярные механизмы микробной устойчивости к дезинфицирующим средствам. Антибиотики и химиотерапия 2023, 68 (1-2): 45-56. doi: 10.37489/0235-2990-2023-68-1-2-45-56.
Маев ИВ, Левченко АИ, Галеева ЮС, Андреев ДН, Осипенко ЮВ, Бордин ДС, Ильина ЕН. Сравнительный анализ кишечной микробиоты у больных с экзокринной недостаточностью поджелудочной железы различной степени тяжести. Терапевтический архив 2023, 95 (2): 130-139. doi: 10.26442/00403660.2023.02.202056.
Шокина ВА, Матюшкина ДС, Кривонос ДВ, Манувера ВА, Широков ДА, Харлампиева ДД, Лазарев ВН, Павленко АВ, Ильина ЕН, Румянцев АГ, Румянцев СА, Иванов КП, Хромова ПА, Баклаушев ВП, Корицкий АВ, Куропаткин ВА, Москалева ЕВ, Огарков ОБ, Орлова ЕА, Петрова АГ, Поженько НС, Пушкарь ДЮ, Колонтарев КБ, Колышкина НА, Рычкова ЛВ, Самойлов АС, Синьков ВВ, Соловьева СВ, Троицкий АВ, Удалов ЮД, Юсубалиева ГМ, Говорун ВМ. Гуморальный иммунный ответ на линейные и конформационные эпитопы SARS-CoV-2 у пациентов с COVID-19. Иммунология 2023, 44 (1): 38-52. doi: 10.33029/0206-4952-2023-44-1-38-52.
Morozkin ES, Makenov MT, Zhurenkova OB, Kholodilov IS, Belova OA, Radyuk EV, Fyodorova MV, Grigoreva YaE, Litov AG, Valdokhina AV, Bulanenko VP, Samoilov AE, Korneenko EV, Voizekhovskaya YaA, Neverov AD, Karganova GG, Karan LS. Integrated Jinmenvirus polymerase gene in Ixodes ricinus genome. Viruses 2022, 14(9), 1908. doi: 10.3390/v14091908/.
Старикова ЕВ, Галеева ЮС, Андреев ДН, Соколов ФС, Федоров ДЕ, Манолов АИ, Павленко АВ, Климина КМ, Веселовский ВА, Заборовский АВ, Евдокимов ВВ, Андреев НГ, Девкота МК, Фоменко АК, Харьковский ВА, Асадулин ПО, Кучер СА, Черемушкина АС, Янушевич ОО, Маев ИВ, Крихели НИ, Левченко ОВ, Ильина ЕН, Говорун ВМ. Состав микробиоты ротоглотки у пациентов с пневмонией различной степени, вызванной вирусом SARS-CoV-2. Терапевтический архив 2022, 94 (2). doi: 10.26442/00403660.2022.08.201780
Ekedi AVNB, Rozhkov AN, Shchekochikhin DYu, Novikova NA, Kopylov PhYu, Bestavashvili AA, Ivanova TV, Zhelankin AV, Generozov EV, Konanov DN, Akselrod AA. Evaluation of microRNA expression features in patients with various types of arterial damage: thoracic aortic aneurysm and coronary atherosclerosis. J Pers Med. 2023, 13(7): 1161. doi: 10.3390/jpm13071161.
Olekhnovich EI, Ivanov AB, Babkina AA, Sokolov AA, Ulyantsev VI, Fedorov DE, Ilina EN. Consistent stool metagenomic biomarkers associated with the response to melanoma immunotherapy. mSystems 2023, 8(2), e01023-22. doi: 10.1128/msystems.01023-22.
Baranova MN, Kudzhaev AM, Mokrushina YA, Babenko VV, Kornienko MA, Malakhova MV, Yudin VG, Rubtsova MP, Zalevsky A, Belozerova OA, Kovalchuk S, Zhuravlev YuN, Ilina EN,.Gabibov AG, Smirnov IV, Terekhov SS. Deep functional profiling of wild animal microbiomes reveals probiotic Bacillus pumilus strains with a common biosynthetic fingerprint. Int J Mol Sci. 2022, 23(3), 1168. doi: 10.3390/ijms23031168.
Galeeva J, Babenko V, Bakhtyev R, Baklaushev V, Balykova L, Bashkirov P, Bespyatykh J, Blagonravova A, Boldyreva D, Fedorov D, Gafurov I, Gaifullina R, Galova E, Gospodaryk A, Ilina I, Ivanov K, Kharlampieva D, Khromova P, Klimina K, Kolontarev K, Kolyshkina N, Koritsky A, Kuropatkin V, Lazarev V, Manolov A, Manuvera V, Matyushkina D, Morozov M, Moskaleva E, Musarova V, Ogarkov O, Orlova E, Pavlenko A, Petrova A , Pozhenko N, Pushkar D , Rumyantsev A, Rumyantsev S, Rumyantsev V, Rychkova L, Samoilov A, Shirokova I, Sinkov V, Solovieva S, Starikova E, Tikhonova P, Trifonova G, Troitsky A, Tulichev A, Udalov Yu, Varizhuk A, Vasiliev A, Veselovsky V, Vereshchagin R, Volnukhin A, Yusubalieva G, Govorun V. 16S rRNA gene sequencing data of the upper respiratory tract microbiome in the SARS-CoV-2 infected patients. Data in Brief 2022, 40, 107770.
Klink GV,Safina KR, Nabieva E, Shvyrev N, Garushyants S, Alekseeva E, Komissarov AB, Danilenko DM, Pochtovyi AA, Divisenko EV, Vasilchenko LA, Shidlovskaya EV, Kuznetsova NA, Speranskaya AS, Samoilov AE, Neverov AD, Popova AV, Fedonin GG, Akimkin VG, Lioznov D, Gushchin VA, Shchur V, Bazykin GA. The rise and spread of the SARS-CoV-2 AY.122 lineage in Russia. Virus Evol. 2022, 8(1):veac017. doi: 10.1093/ve/veac017 .
Konanov DN, Krivonos DV, Ilina E, Babenko VV BioCAT: search for biosynthetic gene clusters producing nonribosomal peptides with known structure. Comput Struct Biotechnol J. 2022, 20, 1218-1226. doi: 10.1016/j.csbj.2022.02.013.
Konanov DN, Zakharzhevskaya NB, Kardonsky DA, Zhgun ES, Kislun YV, Silantyev AS, Shagaleeva OYu, Krivonos DV, Troshenkova AN, Govorun VM, Ilina EN. UniqPy: a tool for estimation of short-chain fatty acids composition by gas-chromatography/mass-spectrometry with headspace extraction. J Pharm Biomed Anal. 2022, 212, 114681. doi: 10.1016/j.jpba.2022.114681.
Makarieva TN, Romanenko LA, Mineev KS, Shubina LK, Guglya EB, Kalinovskaya NI, Ilina EN, Malakhova MV, Terekhov SS, Kudzhaev AM, Dmitrenok PS, Yampolsky IV, Stonik V A. Streptocinnamides A and B, depsipeptides from Streptomyces sp. KMM 9044. Org Lett. 2022, 24(27), 4892-4895. doi: 10.1021/acs.orglett.2c01714.
Poroyko V, Manuel ER, Ilina E. The human microbiome: A new frontier in personalized cancer therapy. Front Cell Infect Microbiol. 2022, 12. doi: 10.3389/fcimb.2022.1028120.
Scott DAV, Benavente E, Libiseller-Egger J, Fedorov D, Phelan J, Ilina E, Tikhonova P, Kudryavtsev A, Galeeva J, Clark T, Lewin A. Bayesian compositional regression with microbiome features via variational inference. BMC Bioinformatics 2023, 24(1), 210. doi: 10.1186/s12859-023-05219-x.
Покровская ЕВ, Жгун ЕС, Шестакова ЕА, Скляник ИА, Федюшкина ИВ, Олехнович ЕИ, Конанов ДН, Кардонский ДА, Кислун ЮВ, Сорокина ЕА, Зильберман ЕИ, Зайцева НВ, Ильина ЕН, Говорун ВМ, Шестакова МВ. Трансплантация фекальной микробиоты в составе комплексной терапии сахарного диабета у сибсов с ожирением: клинический случай. Сахарный диабет 2022, 25(4), 405-417. doi: 10.14341/DM12893.
Старикова ЕВ, Галеева ЮС, Андреев ДН, Соколов ФС, Федоров ДЕ, Манолов АИ, Павленко АВ, Климина КМ, Вееловский ВА, Заборовский АВ, Евдокимов ВВ, Андреев НГ, Фоменко АК, Харьковский ВА, Асадулин ПО, Кучер СА, Черемушкина АС, Янушевич ОО, Маев ИВ, Крихели НИ, Левченко ОВ, Ильина ЕН, Говорун ВМ. Состав микробиоты ротоглотки у пациентов с пневмонией различной степени тяжести, вызванной вирусом SARS-CoV-2. Терапевтический архив 2022, 94(8), 963-972. doi: 10.26442/00403660.2022.08.201780.
Старикова ЕВ, Галеева ЮС, Ильина ЕН. Роль микробиома верхних дыхательных путей в здоровье человека: биотопы и изменчивость. Пульмонология 2022, 32(5), 745-754. doi: 10.18093/0869-0189-2022-32-5-745-754.
Balmasova IP, Olekhnovich EI, Klimina KM, Korenkova AA, Vakhitova MT, Babaev EA, Ovchinnikova LA, Lomakin YaA, Smirno IV, Tsarev V, Mkrtumyan AM, Belogurov AA, Gabibov AG, Ilina EN, Arutyunov SD. Drift of the subgingival periodontal microbiome during chronic periodontitis in type 2 diabetes mellitus patients. Pathogens 2021, 10(5), 504. doi: 10.3390/pathogens10050504
Bodoev I, Malakhova M, Bespyatykh J, Bespiatykh D, Arapidi G, Pobeguts O, Zgoda V, Shitikov E, Ilina E. (2021). Substitutions in SurA and BamA lead to reduced susceptibility to broad range antibiotics in Gonococci. Genes 2021, 12(9), 1312. doi: 10.3390/genes12091312.
Dedkov VG, Dolgova AS, Safonova MV, Samoilov AE, Belova OA, Kholodilov IS, Karganova GG, Matsvay AD. Isolation and characterization of Wad Medani virus obtained in the Tuva Republic of Russia. Ticks Tick Dis. 2021, 12(2), 101612. doi: 10.1016/j.ttbdis.2020.101612.
Gorodnichev RB, Volozhantsev NV, Krasilnikova VM, Bodoev IN, Kornienko MA, Kuptsov NS, Popova AV, Makarenko GA, Manolov AI, Slukin PV, Bespiatykh DA, Verevkin VV, Kulikov EE, Veselovsky VA, Malakhova MV, Dyatlov IA, Ilina EN, Shitikov EA. Novel Klebsiella pneumoniae K23-specific bacteriophages from different families: similarity of depolymerases and their therapeutic potential. Front Microbiol. 2021, 12, 669618. doi: 10.3389/fmicb.2021.669618.
Olekhnovich EI, Batotsyrenova EG, Yunes RA, Kashuro VA, Poluektova EU, Veselovsky VA, Ilina EN, Danilenko VN, Klimina KM. The effects of Levilactobacillus brevis on the physiological parameters and gut microbiota composition of rats subjected to desynchronosis. Microb Cell Fact. 2021, 20(1), 1-13. doi: 10.1186/s12934-021-01716-x.
Olekhnovich EI, Ivanov AB, Ulyantsev VI, Ilina EN. Separation of donor and recipient microbial diversity allows determination of taxonomic and functional features of gut microbiota restructuring following fecal transplantation. mSystems 2021, 6(4), e00811-21. doi: 10.1128/msystems.00811-21.
Samoilov AE, Kaptelova VV, Bukharina AY, Shipulina OY, Korneenko EV, Saenko SS, Lukyanov AV, Grishaeva AA, Ploskireva AA, Speranskaya AS, Akimkin VG. Case report: change of dominant strain during dual SARS-CoV-2 infection. BMC Infect Dis. 2021, 21(1):959. doi: 10.1186/s12879-021-06664-w.
Scobeyeva VA, Artyushin IV, Krinitsina AA, Nikitin PA, Antipin MI, Kuptsov SV, Belenkin MS, Omelchenko DO, Logacheva MD, Konorov EA, Samoilov AE, Speranskaya AS. Gene loss, pseudogenization in plastomes of genus Allium (Amaryllidaceae), and putative selection for adaptation to environmental conditions. Front Genet. 2021. 1213. doi: 10.3389/fgene.2021.674783.
Городничев РБ, Корниенко МА, Купцов НС, Ефимов АД, Богдан ВИ, Летаров АВ, Шитиков ЕА, Ильина ЕН. Сравнение методов очистки фаговых лизатов грамотрицательных бактерий для персонализированной терапии. Медицина экстремальных ситуаций 2021, 23(3), 30-37. doi: 10.47183/mes.2021.029.
Городничев РБ, Корниенко МА, Купцов НС, Малахова МВ, Беспятых ДА, Веселовский ВА, Шитиков ЕА, Ильина ЕН. Молекулярно-генетическая характеристика трех новых бактериофагов Klebsiella pneumoniae, перспективных для применения в фаговой терапии. Медицина экстремальных ситуаций 2021, 23(3), 90-97. doi: 10.47183/mes.2021.035.
Ильина ЕН, Майорова ЕМ, Манолов АИ, Коренькова АА, Бахметьев ВВ, Горбунов КС. Микробиом кишечника и метаболизм лекарственных соединений. Biomedical Chemistry: Research and Methods 2021, 4(1), e00146-e00146.doi: 10.18097/BMCRM00146.
Корниенко МА, Купцов НС, Данилов ДИ, Городничев РБ, Малахова МВ, Беспятых, ДА, Веселовский ВА, Шитиков ЕА, Ильина ЕН. Выделение и характеристика бактериофагов Pseudomonas aeruginosa – потенциальных агентов для фаговой терапии. Медицина экстремальных ситуаций 2021, 23(3), 16-23. doi: 10.47183/mes.2021.027.
Припутневич ТВ, Николаева АВ, Шабанова НЕ, Федоров ДЕ, Манолов АИ, Павленко АВ, Конанов ДН, Кривонос ДВ, Климина КМ, Веселовский ВА, Зубков ВВ, Ильина ЕН. Особенности микробиоты недоношенных детей, рожденных от матерей с заболеваниями эндокринной системы. Акушерство и гинекология 2021, (2), 96-104. doi: /10.18565/aig.2021.2.96-104.
Babenko VV, Millard A, Kulikov EE, Spasskaya NN, Letarova MA, Konanov DN, Belalov IS, Letarov AV. The ecogenomics of dsDNA bacteriophages in feces of stabled and feral horses. Comput Struct Biotechnol J. 2020, 18, 3457-3467. doi: 10.1016/j.csbj.2020.10.036.
Babenko VV, Podgorny OV, Manuvera VA, Kasianov AS, Manolov AI, Grafskaia EN, Shirokov DA, Kurdyumov AS, Vinogradov DV, Nikitina AS, Kovalcuk SI, Anikanov NA, Butenko IO, Pobeguts OV, Matyushkina DS, Rakitina DV, Kostryukova ES, Zgoda VG, Baskova IP, Trukhan VM, Gelfand MS, Govorun VM, Schiöth HB, Lazarev VN. Draft genome sequences of Hirudo medicinalis and salivary transcriptome of three closely related medicinal leeches. BMC Genomics 2020, 21(1), 1-16. doi: 10.1186/s12864-020-6748-0.
Bespyatykh J, Bespiatykh D, Malakhova M, Klimina K, Bespyatykh A, Varizhuk A, Tevyashova A, Nikolenko T, Pozmogova G, Ilina E, Shitikov E. Aureolic acid group of agents as potential antituberculosis drugs. Antibiotics 2020, 9(10), 715.
Bespyatykh J, Shitikov E, Bespiatykh D, Guliaev A, Klimina K, Veselovsky V, Arapidi G, Dogonadze M, Zhuravlev V, Ilina E, Govorun V. Metabolic changes of Mycobacterium tuberculosis during the anti-tuberculosis therapy. Pathogens 2020, 9(2), 131. doi: 10.3390/pathogens9020131.
Glushchenko OE, Prianichnikov NA, Olekhnovich EI, Manolov AI, Tyakht AV, Starikova EV, Odintsova VE, Kostryukova ES, Ilina EI. VERA: agent-based modeling transmission of antibiotic resistance between human pathogens and gut microbiota, Bioinformatics 2020, 35(19), 3803-3811. doi: 10.1093/bioinformatics/btz154.
Kashtanova DA, Klimenko NS, Strazhesko ID, Starikova EV, Glushchenko OE, Gudkov DA, Tkacheva ON. A cross-sectional study of the gut microbiota composition in Moscow long-livers. Microorganisms 2020, 8(8), 1162. doi: 10.3390/microorganisms8081162.
Kornienko M, Fisunov G, Bespiatykh D, Kuptsov N, Gorodnichev R, Klimina K, Kulikov E, Ilina E, Letarov A, Shitikov E. Transcriptional landscape of Staphylococcus aureus Kayvirus bacteriophage vB_SauM-515A1. Viruses 2020, 12(11), 1320. doi: 10.3390/v12111320.
Kornienko M, Kuptsov N, Gorodnichev R, Bespiatykh D, Guliaev A, Letarova M, Shitikov E. (2020). Contribution of Podoviridae and Myoviridae bacteriophages to the effectiveness of anti-staphylococcal therapeutic cocktails. Sci Rep. 2020, 10(1), 18612. doi: 10.1038/s41598-020-75637-x.
Kotova ES, Savochkina YA, Doludin YV, Vasilyev AO, Prilepskay EA, Potoldykova NV, Babalyan KA, Kanygina AV, Morozov AO, Govorov AV, Enikeev DV, Kostryukova ES, Ilina EN, Govorun VM, Pushkar DYu, Sharova EI. Identification of clinically significant prostate cancer by combined PCA3 and AMACR mRNA detection in urine samples. Res Rep Urol. 2020, 403-413. doi: 10.2147/RRU.S262310.
Kuptsov NS, Kornienko MA, Gorodnichev RB, Danilov DI, Malakhova MV, Parfenova TV, Makarenko GI, Shitikov EA, Ilina EN. Efficacy of commercial bacteriophage products against ESKAPE pathogens. Bulletin of RSMU 2020, 3, 18-24. doi: 10.24075/brsmu.2020.029.
Manolov A, Konanov D, Fedorov D, Osmolovsky I, Vereshchagin R, Ilina E. Genome complexity browser: visualization and quantification of genome variability. PLoS Comp Biol. 2020, 16(10), e1008222. doi: 10.1371/journal.pcbi.1008222
Shelenkov A, Mikhaylova Y, Yanushevich Y, Samoilov A, Petrova L, Fomina V, Gusarov V, Zamyatin M, Shagin D, Akimkin V. Molecular typing, characterization of antimicrobial resistance, virulence profiling and analysis of whole-genome sequence of clinical Klebsiella pneumoniae isolates. Antibiotics 2020, 9(5), 261. doi: 10.3390/antibiotics9050261.
Starikova EV, Tikhonova PO, Prianichnikov NA, Rands CM, Zdobnov EM, Ilina EN, Govorun VM. Phigaro: high throughput prophage sequence annotation. Bioinformatics 2020, 36(12), 3882–3884, doi: 10.1093/bioinformatics/btaa250.
Terekhov SS, Nazarov AS, Mokrushina YA, Baranova MN, Potapova NA, Malakhova MV, Ilina EN, .Smirnov IV, Gabibov AG. Deep functional profiling facilitates the evaluation of the antibacterial potential of the antibiotic amicoumacin. Antibiotics 2020, 9(4), 157. doi: 10.3390/antibiotics9040157.
Veselovsky VA, Dyachkova MS, Menyaylo EA, Polyaeva PS, Olekhnovich EI, Shitikov EA, Despiatykh DA, Semashko TA, Kasianov AS, Ilina EN, Danilenko VN, Klimina KM. Gene networks underlying the resistance of Bifidobacterium longum to inflammatory factors. Front Immunol. 2020, 11, 595877. doi: 10.3389/fimmu.2020.595877.
Zhgun ES, Ilyina EN. Fecal metabolites as non-invasive biomarkers of gut diseases. Acta Naturae 2020, 12(2), 4-14. doi: 10.32607/actanaturae.10954.
Жгун ЕС, Кислун ЮВ, Калачнюк ТН, Веселовский ВА, Урбан АС, Тихонова ПО, Павленко АВ, Ильченко ГН, Ильина ЕН. Оценка уровня метаболитов в фекалиях пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника. Биомедицинская химия 2020, 66(3), 233-240. doi: 10.18097/PBMC20206603233.
Маев ИВ, Андреев ДН, Говорун ВМ, Ильина ЕН, Кучерявый ЮА, Оганесян ТС, Мельникова ЕВ, Зайратьянц ОВ, Парфенова ТВ, Джеджеиа ЛВ, Кириллова НВ, Маевская ЕА, Фоменко АК, Лобанова ЕГ, Заборовский АВ, Крюков КА. Антибиотикорезистентность Helicobacter pylori в европейской части Российской Федерации: первые результаты. Терапевтический архив 2020, 92(8), 24-28. doi: 10.26442/00403660.2020.08.000761.
Олехнович ЕИ, Манолов АИ, Павленко АВ, Конанов ДН, Федоров ДЕ, Тихонова ПО, Глущенко ОЕ, Ильина ЕН. Влияние микробиома кишечника на эффективность противоопухолевой иммунотерапии. Биомедицинская химия 2022, 66(1), 54-63. doi: 10.18097/PBMC20206601054.
Федоров ДЕ, Павленко АВ, Олехнович ЕИ, Климина КМ, Покатаев ЕА, Манолов АИ, Конанов ДН, Веселовский ВА, Ильина ЕН. Микробиом кишечника как предиктор успеха анти PD-1 терапии: анализ метагеномных данных. Биомедицинская химия 2020, 66(6), 502-507. doi: 10.18097/pbmc20206606502
Bespyatykh J, Shitikov E, Guliaev A, Smolyakov A, Klimina K, Veselovsky V, Malakhova M, Arapidi G, Dogonadze M, Manicheva O, Bespiatykh D, Mokrousov I, Zhuravlev V, Ilina E, Govorun V. (2019). System OMICs analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster. Sci Rep. 2019, 9(1), 19255. doi: 10.1038/s41598-019-55896-z.
Bespyatykh J, Smolyakov A, Guliaev A, Shitikov E, Arapidi G, Butenko I, Dogonadze M, Manicheva O, Ilina E, Zgoda V, Govorun V. Proteogenomic analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster strains. J Proteomics 2019, 192, 18-26. doi: 10.1016/j.jprot.2018.07.002.
Edwards RA, Vega AA, Norman HM, Ohaeri M, Levi K, Dinsdale EA, … Ilina EN, ... Dutilh BE. Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage. Nat Microbiol. 2019, 4(10), 1727-1736. doi: 10.1038/s41564-019-0494-6.
Goloshchapov OV, Olekhnovich EI, Sidorenko SV, Moiseev IS, Kucher MA, Fedorov DE, Pavlenko AV, Manolov AI, Goctev VV, Veselovsky VA, Klimina KM, Kostryukova ES, Bakin EA, Shvetcov AN, Gumbatova ED, Klementeva RV, Shcherbakov AA, Gorchakova MV, Egozcue JJ, Pawlowsky-Glahn V, Suvorova MA, Chukhlovin AB, Govorun VM, Ilina EN, Afanasyev BV. Long-term impact of fecal transplantation in healthy volunteers. BMC Microbiol. 2019, 19(1), 1-13. doi: 10.1186/s12866-019-1689-y.
Olekhnovich EI, Manolov AI, Samoilov AE, Prianichnikov NA, Malakhova MV, Tyakht AV, Pavlenko AV, Babenko VV, Larin AK, Kovarsky BA, Starikova EV, Glushchenko OE, Safina DD, Markelova AI, Boulyagina EA, Khusnotdinova DR, Malanin SY, Abdulkhakov SR, Abdulkhakov RA, Grigoryeva TV, Kostryukova ES, Govorun VM,Ilina EN. Shifts in the human gut microbiota structure caused by quadruple Helicobacter pylori eradication therapy. Front Microbiol. 2019, 10. doi: 10.3389/fmicb.2019.01902.
Shitikov E, Guliaev A, Bespyatykh J, Malakhova M, Kolchenko S, Smirnov G, Merker M, Niemann S, Mokrousov I, Ilina E, Govorun V. The role of IS6110 in micro-and macroevolution of Mycobacterium tuberculosis lineage 2. Mol Phylogenet Evol. 2019, 139, 106559. doi: 10.1016/j.ympev.2019.106559.
Смирнов ГБ, Бодоев ИН, Макарова АП, Бутусова ТБ, Веселовский ВА, Гуляев АC, Шитиков ЕА, Ильина ЕН. Сравнительная геномика штаммов Escherichia coli АВ1157, АВ2463, АВ2494 и АВ1885. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология 2019, 37(3), 134-139. doi: 10.17116/molgen201937031134.
Rands CM, Starikova EV, Brüssow H, Kriventseva EV, Govorun VM, Zdobnov EM. ACI‐1 beta‐lactamase is widespread across human gut microbiomes in Negativicutes due to transposons harboured by tailed prophages. Environ Microbiol. 2018, 20(6), 2288-2300. doi: 10.1111/1462-2920.14276
Terekhov SS, Smirnov IV, Malakhova MV, Samoilov AE, Manolov AI, Nazarov AS, Danilov DV, Dubiley SA, Osterman IA, Rubtsova MP, Kostryukova ES, Ziganshin RH, Kornienko MA, Vanyushkina AA, Bukato ON, Ilina EN, Vlasov VV, Severinov KV, Gabibov AG, Altman S. Ultrahigh-throughput functional profiling of microbiota communities. Proc Natl Acad Sci U S A 2018, 115(38), 9551-9556. doi: 10.1073/pnas.1811250115.
Tyakht AV, Manolov AI, Kanygina AV, Ischenko DS, Kovarsky BA, Popenko AS, Pavlenko AV, Elizarova AV, Rakitina DV, Baikova JP, Ladygina VG, Kostryukova ES, Karpova IY Semashko TA, Larin AK, Grigoryeva TV, Sinyagina MN, Malanin SY, Scherbakov PL, Kharitonova AY, Khalif IL, Shapina MV, Maev IV, Andreev DN, Belousova EA, Buzunova YM, Alexeev DG, Govorun VM. Genetic diversity of Escherichia coli in gut microbiota of patients with Crohn’s disease discovered using metagenomic and genomic analyses. BMC Genomics 2018, 19(1), 968. doi: 10.1186/s12864-018-5306-5.
